明弘光二十二年七月二十四日，朱由崧颁布旨意，留元孙朱和塽监国，自己则在太子朱慈焈及内阁首辅马士英的陪同下，北上顺天府聚会蒙部王公。
是的，按照惯例，陪同朱由崧和朱慈焈北上的可以是任何一个内阁大学士，但绝不可能是内阁首辅马士英这个统揽全局的大学士，然而为了避免恋栈不去的马士英，在朱由崧和朱慈焈都不在南京的时候，做出某种错误的抉择，朱由崧特意安排马士英跟自己一起北行，阁权暂时由按计划、稍后会将出任首辅的次辅孙传庭代行。
马士英深知朱由崧对自己的忌惮，也知道两位帝皇交接之际的局势紧张，所以不敢以包括立刻辞职在内的任何方式反抗，乖乖的随着朱由崧和朱慈焈前往了北京。
不过朱由崧原本计划是与朱慈焈坐东洋水师快船北上的，但考虑到马士英已经76岁了，不耐远航，所以，最后一行人还是以内河游船加马车轮替的方式，在数千京营官兵的护卫下，途径江北、山东、畿东等道境内，以日均30公里的速度，赶往北京。
当年九月初五，朱由崧父子并马士英到达北京。
抵达北京后，朱由崧和朱慈焈父子前后花了四天时间接见各地蒙部王公及大明控制区内的一众呼图克图。
待完成了逐一接见和安抚蒙古高层、藏密高层的工作后，当年九月十一日，根据钦天监天文司及一众藏密大师联合测算的吉日----原本朱由崧是钦定八月十五日进行蒙古大汗的禅让仪式的，但因为换了出行方式，导致抵达北京的时间太晚，错过了之前选定的吉日，所以就只能重新测算合适举行大型仪式的时间点了----朱由崧于北京天坛举行了传位仪式，正式将蒙古大汗汗王传给了太子朱慈焈。
当天，与会的蒙古各部王公及一众藏密大师上血书向朱慈焈效忠，并为朱慈焈奉上了布伦阿木古朗汗（用牛角号吹出天下太平的君王）。