虽然小笠原长时在村井城外接连讨取了岩崎胜秀、栗原正清和今井虎意三名武田家一门重臣，但是好景不长，紧随而来的武田晴信随即亲自调动麾下的旗本众、足轻众对小笠原军发起猛攻。
小笠原长时由于麾下兵力寡少，逐渐处于不利的局面。不仅如此，小笠原长时麾下的猛将草间肥前守、泉石见守等人也先后被武田军所讨取。
而泉石见守是小笠原家中最擅长弓术的家臣，名气颇盛。随着他的阵亡，小笠原军瞬间士气跌落谷底，很快便被武田军击溃了。小笠原长时在损兵折将后自知不敌武田军，只好放弃村井城，直接逃到其本据林城，固守待援。
小笠原军在盐尻岭、村井城之战的相继战败、损兵折将，使得筑摩郡的濑黑城、浅间城、塔原城、青柳城、万西城、岛立城、西卷城、桐原城、大城等地的守将不是望风降服武田，就是弃城而逃。这就使得身在林城的小笠原长时处境更加岌岌可危起来。
最后，小笠原长时见大势已去，经过再三权衡之下，决定暂时放弃自己的本据林城，前往家臣二木重高位于安昙郡的中塔城（中洞城）以此来躲避武田军的兵锋，从长计议。而中塔城是位于山谷之中，易守难攻，城内的粮草辎重也可撑数年之久，完全可以坚守待变。
随后，武田晴信便率军进入了空无一人的林城。为了不让小笠原长时再次重返林城，从而根绝后患，武田晴信便下令将此城拆除。同时，武田晴信还将林城不远处西北方的深志城进行大规模的普请改修，意图将此城作为武田家在信浓中部地区的一大重镇。至此，东筑摩郡大部分也落入了武田晴信手中。
之后，小笠原家家臣们见小笠原长时放弃本据林城而逃往中塔城之后，便纷纷开始自谋出路起来：重臣三村入道投降并出仕武田家；会田幸久逃往武藏，出仕太田资正；赤泽经智逃往越后，出仕越后上杉家······