在关宁军叛乱后，崇祯终于大发雷霆，下令彻查袁崇焕在京畿作战中的指挥。很快蓟门一线的指挥部署就被交到了皇帝面前，几天前袁崇焕纵敌入关后，崇祯还亲自为他辩解，说袁崇焕只是“不派侦防，竟让敌潜越。”
只是，几万人从一个人面前潜越过去可以解释，一个人从几万人面前潜越过去也可以解释，但几万人从几万人眼前潜越过去实在不是人类所能理解的了，尤其还要加上袁崇焕事先还把刘策、尤世威的军队都从后金军的通行路线调开。
等放后金军入关后，袁崇焕和关宁铁骑又绕大圈，置通州、顺义等地的友军于不顾，一门心思的往京师撤退，放任京畿地区被敌军铁蹄**。崇祯震惊过后就是狂怒：“避敌不战、纵敌长驱，传旨，立刻将刘策、尤世威锁拿进京，穷治其罪。”
曹化淳愣了一下，小心地建言道：“万岁爷，他们都有蓟辽督师的手令。”
“这种荒谬的命令也能执行么？”崇祯已经气愤得失去理智，他忘记了到底是谁曾给袁崇焕撑腰，以致会有这样的后果：“避敌不战就是避敌不战，立刻把这两个人下诏狱。”
“遵旨。”曹化淳见皇帝气得厉害，也就不再劝说了，后来这两者都论罪死、斩立决。
孙承宗没有替袁崇焕说话，而是向皇帝建议由他写一封信给关宁军，把这些叛军召回。孙承宗是第一任辽东督师，在关宁军中一向有威望，崇祯怒气稍消：“如此，就有劳阁老了。”
袁崇焕被抓、关宁军叛乱后，后金军也开始撤离京师，第二天就解围转向其他方向。京师解围后百姓民谣曰“投了袁督师，东人跑一半。”
后金军在京城郊外掳走颇多百姓，崇祯皇帝随即命令满桂追击，将百姓夺回。满桂以“敌众援寡，不可轻出”为由希望皇帝收回成名，崇祯不听，加满桂武经略衔，要他全权负责从后金军手中夺回京畿百姓。