洪武元年，朱元璋于应天府登基，册立马氏为皇后。贵为皇后的马氏，依然生活节俭朴素，每天亲自操办朱元璋的膳食，体恤朱元璋的辛苦，为他打理好后宫的一切。
马皇后从不争风吃醋，一直善待后宫妃嫔，有嫔妃忤逆上意，马皇后也在从中调和。她常常读写古训来教导嫔妃宫女，后宫之人无一不对皇后赞叹有加。
马皇后为人宽厚，她不止善待嫔妃，对宫女也百般仁慈，朱元璋曾责备一个犯错的宫女，马皇后也假装生气，让人把宫女送到宫正司定罪，对朱元璋说，生气时难免会有偏颇，做帝王的应不因喜怒而随意赏罚。
朱元璋脾气火爆、多忌讳好猜疑，登基后更是不加收敛，只有马皇后才能规劝一二。故而朱元璋一发怒，群臣就会想到马皇后，马皇后也常常依据事理委宛地劝阻。
在胡惟庸案件中，很多人都被无辜牵连，宋濂就是其中一位，太子为其求情都丝毫没有效果。正好到了晚膳时间，马皇后准备了一桌素食，声称为宋先生做福事，朱元璋闻言放下筷子就走了。
不过第二天朱元璋还是赦免了宋濂的死罪，足以见的马皇后在朱元璋心中的分量，同时也彰显了马皇后的聪明才智。
马皇后不仅为人大度，还善解人意。有一次李希颜稍加惩治一个顽皮的皇子，用笔管打他的脑门，打得次数多了便留下了痕迹，朱元璋偶然看见了皇子头上的痕迹，勃然大怒。
这时马皇后在旁边劝说道“乌有以圣人之道训吾子，顾怒之耶！”朱元璋听了马皇后所言，觉得是这个道理，便没有责罚李颜希，还给他升了官。
马皇后非常爱惜人才，当时太学里，学生有生活补贴，但是妻子和儿女却没有生活依仗。马皇后就征集钱粮，设置红仓，专门储粮供养太学生的妻子儿女，这个善举令人称赞不已。