山东登州府，治蓬莱，辖宁海州、蓬莱县、栖霞等五县。以登、莱二州皆濒大海，为高丽、日本往来要道，非建府治，增兵卫，不足以镇之，故设登莱巡抚于此。
登州地处极边，外接重洋，历为水军要塞。明初升州为府，设登州卫，下辖七个千户所，每个千户所设备倭船十只，共辖战船七十余只。此后,为应备倭急需，又于水城建水师府，专设水师营。水师营以参将或游击统领，归登莱巡抚提调。
嘉靖年间，登州水师共辖水军五营十哨，拥有大小战船五十艘，官兵三干余人。平时，除中营专司严守水城基地外，其余四营各以一哨出海巡洋，其余在港内休整训练，亦即常年有四哨二十艘战船在海疆巡防。
崇祯十一年(1638)，登州水师精编为左、中、右三营，改由登州城守营管辖，战船只有六七艘，水师只有区区百人，名存实亡。
直到董士元担任山东副总兵，实则兼任登莱总兵，统领登州水师，登州水师这才苦尽甘来，重新走上了正轨。
昔日门可罗雀、凋敝不堪的登州卫，经过短短几年的发展，军港里大小战舰如云，日月旗高高飘扬，战舰上火炮寒光幽幽。军岛上营房林立，井井有条，守备森严。战舰五六百艘，水兵上万，如今，这里已经是大明最大的海军基地，大明水师超过半数的战舰，都集中于此。
另有三四百艘战舰，则是位于“东番”，也就是现在的台湾。再加上河南水师和徐州水师，大明九成以上的水师战船，都是出自河南。
当然，所有的算计中，福建东南沿海的郑芝龙除外。
两年的建设下来，登州水师羽翼渐丰，攻下台湾便是明证，台湾水师也是由登州水师脱胎，不过已经成为仅次于登州水师的第二大舰队，虽然是新创，但锐气逼人，也锐不可当。