毕懋康的棺椁葬入贤良祠后，军队已经做好了充足准备，粮草也就绪了。李存明便颁下诏书，决定御驾西征。
这一次西征的战略意图十分明显，一是从鞑子手里夺回重庆府，阻止满清朝廷占据云贵地区；
二是招降大西残余军队，彻底将最后一支农民军主力部队收为己用，整合汉人抗清力量。
倘若能收服大西军，则意味着纵横二十余年的农民军彻底退出历史舞台，同时也意味着国内矛盾基本缓和，如此才能腾出手来一致对外。
太子还在开封城历练，李存明并不打算诏令太子回南京监国，而是让闫尔梅坐镇南京，总领全国政务。
周皇后表示担心，道：“陛下，您御驾亲征，太子又不在都城，万一天有不测风云，该当如何？”
李存明道：“皇后所思所虑不无道理，但朕心意已决，坚持御驾亲征，且不会让太子回来监国的。太子乃是未来之君，不趁着年轻历练出非凡本事，更待何时？”
继而又安慰皇后道：“朕创立了通政司之后，行辕所到之处，便是朝廷中枢所在之处，身在前线也能牢牢掌控朝廷局势。再说了，朕只是坐镇前线，并不亲自上阵杀敌，不会有什么危险的。”
话虽如此，李存明还是做出了安排，委婉告诉闫尔梅，要保护好朱慈炯的安全。
闫尔梅何其聪明，立即领会在心。只是这种事情涉及到皇家权力最为隐秘敏感的核心部分，他只是安排锦衣卫暗中保护定王殿下，表面上若无其事，也不置一词。
李存明又调回刘文炳及其军队，命他拱卫南京城。国内之事安排妥当，三天之后举行了出兵仪式，皇帝便带领着十五万大军西征。
军队水陆并进，地方官员们纷纷前来迎驾。李存明不胜其烦，且担心耽误行军速度，特意让夏完淳去应付官员们，自己则极速赶路。