在将奏疏拜发时，他竟会糊涂地愤然想道：“既然你要杀我，我就干脆把什么事情都说出来。也许我一说出来，你就不敢杀我了。”
在“奉旨回话”的奏疏中，他丝毫不引罪自责，反而为他与满洲议和的事进行辩解。他先把两年来国家内外交困的种种情形陈述出来，然后说他完全是奉旨派马绍偷出关议和。他说皇上是英明之主，与满洲议和完全是为着祖宗江山，这事情本来做得很对，但因恐朝臣中有人大肆张扬，所以命他秘密进行，原打算事成之后，即向举朝宣布。如今既然已经张扬出去，也不妨就此向朝臣说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯看了此疏，猛然将一只茶杯摔得粉碎，骂道：“该杀！真是该杀！”尽管他也知道陈新甲所说的事实和道理都是对的，但陈新甲竟把这一切在奏疏中公然说出，而且用了“奉旨议和”四个字，使他感到万万不能饶恕。于是他又下了一道手谕，责备陈新甲“违旨议和”，用意是要让陈新甲领悟过来，引罪自责。
陈新甲看了圣旨后，更加相信崇祯是要杀他，于是索性横下一条心，又上了一封奏疏，不惟不引罪，而且具体地指出了某月某日皇上如何密谕、某月某日皇上又如何密谕，将崇祯给他的各次密诏披露无遗。他误以为这封奏疏会使崇祯无言自解，从而将他减罪。
崇祯看了奏疏后，从御椅上跳起来，虽然十分愤怒，却一时不能决定个妥当办法。他在乾清宫内走来走去，遇到一个花盆，猛地一脚踢翻。走了几圈后，他回到御案前坐下，下诏将陈新甲立即逮捕下狱，交刑部立即从严议罪。
当天晚上，崇祯知道陈新甲已经下到狱中，刑部正在对他审问，议罪。他忽然想到自己的多次手诏，分明陈新甲并没有在看过后遵旨烧毁，如今仍藏在陈新甲的家中。于是他将吴孟明叫进宫来，命他亲自率领锦衣旗校和兵丁立即将陈家包围，严密搜查。他想着那些秘密手诏可能传到朝野，留存后世，成为他的“盛德之累”，情绪十分激动，一时没有将搜查的事说得清楚。吴孟明跪在地上问道：“将陈新甲的财产全数抄没？”