元朝面对到处是起义军的时候，最难受的，其实是脱脱。
在廷臣议论治河时，有人认为中原必乱，脱脱把不同意见者压制下去，坚持要治理黄河，结果，果然导致大乱。
这当然和治河关系不大，因为，元朝已经病入膏肓，治河不过是加速灭亡的速度而已。换句话来说，不治理河水，元朝照样要灭亡。
如今，到处是起义的火焰，这就导致脱脱成了罪魁祸首了。
元顺帝妥欢贴睦尔把脱脱召去，怒责他说："汝尝言天下太平无事，今红军半宇内，丞相以何策待之？"
脱脱汗流浃背，一时竟无言以对。
他在没办法的时候，勉强给出了对策，那就是：一是加紧对汉人、南人的防范。凡议军事，汉人、南人官僚必须回避。
有一日，脱脱奏事内廷，事关兵权，回头看到中书左丞韩元善、中书参政韩镛随后而来、脱脱立刻命守门人拦阻不得入。于是上奏妥欢贴睦尔："方今河南汉人反，宜榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目因迁谪在外者，皆召还京师，勿令诖误。"
二是采取血腥 镇压方式。
颍州起义爆发后，脱脱派枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军镇压，结果大败而归；不久又派其弟也先帖木儿等率十余万军进兵河南，结果在沙河不战而溃。
脱脱见中央军失败，当下利用各地的地主武装--义兵来镇压起义军，其中以河南沈丘的察罕帖木儿和罗山的李思齐最为凶狠，对中原红巾军威胁最大。
这样一来，勉强扑灭了一些起义军。
至正十二年八月，脱脱决定亲率大军，出征徐州。
起义军的芝麻李占领徐州后，尽有徐州附近州县，徐州地处黄河与运河交汇处，因此红巾军切断了通过漕运对大都的物资供应。
九月，脱脱破徐州，进行了惨无人道的大屠杀，芝麻李被杀。