朱瞻基登基不久，他的叔父汉王朱高煦发动了武装叛乱。
朱瞻基在杨荣等人的强烈要求下御驾亲征，叛乱很快被平定，朱高煦被处以酷刑。
朱瞻基的又一叔父赵王朱高燧也与汉王的阴谋有所牵连，杨荣等人主张同加严惩。
针对这种纷纭复杂的形势，朱瞻基举棋不定。
杨士奇一方面摸透了皇帝的心理，另一方面考虑到政局的稳定，与杨荣针锋相对，指出：“太宗皇帝三子，今上惟两叔父。有罪者不可赦，其无罪者宜厚待之，疑则防之，使无虞而已，何遽加兵，伤皇祖在天之意乎？”
朱瞻基最终采纳了杨士奇的建议，没有追究赵王的责任。
赵王主动献出护卫人马，保全了性命，朝廷政局趋向了稳定。
朱瞻基即位后，还受到来自外部世界的挑战，安南继续抵制明皇朝的统治。
在是继续施加军事压力还是撤军的问题上，明皇朝左右徘徊。
吏部尚书蹇义和户部尚书夏原吉与将领们主张采取进一步的军事行动。
杨士奇看到连年的征战造成了国家财政的紧张、百姓的怨恨，于是和杨荣一道力主讲和，认为可以让安南拥有更大的自治权。
他们的主张正中朱瞻基下怀，于是，他决定通过外交途径解决安南的叛乱问题。
后来几经周折，朱瞻基勉强授予安南的实际统治者黎利委任诏书和印玺，让他“权署安南国事”，这样既赢得了南部边疆的安定，又为国家节约了大笔军事开支，再次显示了杨士奇的战略眼光。
杨士奇还特别注意人才的选拔和政治的清明。
他向朱瞻基积极建议，纠察贪官污吏，举荐具备文才武略的人才，即使属于刑家子孙也不例外，并且规定凡三品以上及二司官都要积极为朝廷推荐人才，以便巩固朝廷的根基。
杨士奇还身体力行，作出表率，如前述周忱和况钟以及后来赫赫有名的于谦皆得力于他的引荐。