朱翊钧继位为帝后，因为年纪的原因，国家大小事务都交给了张居正处理，至于内廷的事务，就托给冯保。
他对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。
当然，这和陈太后有关系，因为，陈太后和张居正的关系非常好，好到了超出了上下级关系。
我们从后来朱翊钧对张居正的痛恨，可以推理出来，张居正很可能泡了陈太后。
朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万历新政。
政治改革的主要措施，我们上面说过，这里不再说。
要说一说的是，随着朱翊钧的长大，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，但是，人家已经成了气候，他也没办法。
张居正要是单单把持权力治国，那也就算了，可是，他的权力大到要控制皇帝！
万历七年，公元1579年，朱翊钧向户部索求十万金，以备光禄寺御膳之用。
张居正上疏据理力争，言明户部收支已经入不敷用，“目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆场意外之变，何以给之？”
他要求朱翊钧节省“一切无益之费”。
结果，朝廷不仅免除了这十万两银子的开支，连宫中的上元节灯火、花灯费也免除了。
在张居正的力争下，还停止重修慈庆、慈宁二宫及武英殿，停输钱内库供赏，节省服御费用，减苏松应天织造等，甚至，因为害怕浪费灯烛，将朱翊钧安排在晚上的课程改到了白天。
纂修先皇实录，例得赐宴一次。
张居正参加篆修穆宗实录，提出辞免赐宴。他说：“一宴之资，动之数百金，省此一事，亦未必非节财之道”。
张居正管着皇帝，太后也管着皇帝。
她要返回慈宁宫的是，告诉张居正说：“我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是，赏赐张居正坐蟒官服、白银、彩币。