曾国藩处理天津教案期间，在江宁发生了一件大案，接替曾国藩任两江总督的马新贻在光天化日之下被刺客刺杀。清朝开国以来，封疆大吏在大庭广众之下被刺杀，这还是第一例。
清廷得知这一噩耗后，立即任命曾国藩为新任两江总督，空出来的直隶总督位子，由李鸿章接任。这意味着，年老体弱的曾国藩，又得长途跋涉，去往南方做官了。
曾国藩临行前，慈禧太后多次接见了他。对这位即将远行的老臣，慈禧太后似乎有太多的话想要说。
慈禧太后问及天津教案的后续处理情况。曾国藩回答道：“人犯尚未处决。李鸿章给微臣来信说，将在二十五日行刑。”
慈禧太后又问及直隶练兵的情况。曾国藩答道：“微臣招募了新兵三千，加上前任直隶总督官文训练的四千兵，一共是七千。微臣还想再招三千，合成一万。这件事情微臣已经和李鸿章商量妥当了，一切都按照之前奏定的章程办理。”
慈禧太后又问曾国藩回到两江后，将如何练兵，预防洋人的进攻。曾国藩回答说：“这确实是一件值得忧虑的事情。以目前中国海军的实力，还不足以在海上与洋人决战。做好防守才是最关键的。微臣准备在长江两岸及江中要害之处，继续加修炮台，以抵御洋人的战舰。至于陆师方面，前任两江总督马新贻训练的两千兵，微臣到任之后，继续加以训练，就足够应付局面了。”
带着慈禧太后的殷切希望，曾国藩再一次就任两江总督。他所遇到的第一件麻烦事，就是查出马新贻被刺一案的幕后真凶。
马新贻是李鸿章、郭嵩焘、沈葆桢等人的同年。在他们这一榜的进士中，马新贻算是考得比较差的一个，最后被分发到安徽做知县。凭着出众的行政能力，马新贻一步一步往上爬，终于做到了两江总督。