按照多尔衮最初的决定,由耿仲明、尚可喜进军广西，无奈二人嫌广西地处偏僻，情况复杂，有意推辞，孔有德毅然“以粤西为请”，闻听广东那边进展迅速，自也不甘落后，率部一路猛冲猛打。
破桂林，擒杀了张同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等后，孔有德信心大增，立志要在广西建功立业,随后在不到一年的时间里几乎占领了广西全境。
再后来，明西宁王李定国率东路军收复湖南大部，南下广西，孔有德所部不敌象阵，大败于兴安县严关，逃回桂林据守，被李定国一箭射中额头。
孔有德自知走投无路，令其妻妾上吊自杀，自己在王府纵火，北向再拜,自刎而死。其子孔廷训逃跑过程中被明军俘获，仅有一女孔四贞逃脱。
孔有德既死，因续顺公沈志祥已死，清廷改派平西王吴三桂清剿永历朝廷。
回到肇庆行在，适逢各地反清浪潮风起云涌，自觉安全了些,偶尔地，永历帝也会过问一下政事，却又嫌劳心费神，巴不得交给大臣们去处理，自去享受这难得的富足且安逸的日子。
然而，仿佛还只是眨眼间，这日子就被接踵而来的坏消息给打破了，为安全计，清军未及抵达广州，永历帝即仓皇由肇庆逃往梧州。
到得梧州，依李元胤之言，诛杀了常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物的屯居梧州的明将杨大甫，随后，又令李元胤除掉了弃守南雄意图挟持永历帝降清的罗成耀。
这显然没能阻挡得住局势的快速恶化，不久，广西沦陷的消息也传了过来，永历帝及一帮臣下逃往浔州，李元胤留下阻击清兵。
因为永历帝对自己的恩宠和信任，并没有因养父李成栋战死而有丝毫的改变，李元胤孤军守肇庆，独军于西南驿击败清军。
广州沦陷后，李元胤孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下！”