马超推行这次大变革的第二大类法规，针对的是军中的一应事宜。
无论是民生还是商业，一切的一切，都是在为国富民强打基础，而一个势力的强弱，最直接的体现，便是体现在军队的战斗力上。对此，马超是绝不会忽视的。
为此，马超对西凉所属的军队，也进行了一次历史性的改革。
首先，针对战时的复杂情况，马超推出了军中令。在军中令中，规定无论是地方军还是正规军，甚至是奔雷骑和破军阵两支精锐，都不得有丝毫的违反。从击鼓则进，鸣金则退的最基本军事条例开始，一直到大兵团多兵种协同作战的进退之法，军中令都做出了明确的规定，一旦有人违反，则会按照军中令中所规定的九禁十八斩的军法，予以严厉的惩处。
军中令中有严厉的一面，也有优待将士们的一面。比如说，军中令中规定了将士们日常的食谱，凡是正式在编的军士，都必须保证每日三餐，三餐中必须有一顿要带有荤腥，荤素搭配，保证将士们的身体机能始终保持在较高的水准。同时还明确规定了各级将士们的军饷，暂定为每三个月发放一次，任何人不得以任何理由，对将士们的口粮和军饷进行克扣，一经发现，按照九禁十八斩之令，就地格杀。
其次，马超还颁布了戍卒令。戍卒令是针对没有战事的情况下，对西凉将士们的日常令法。戍卒令中，详细的规定了西凉将士们的构成框架，规定中央军中，每十人为一队，设队长一名；每五队为一大队，设队率一名；每两大队为一屯，设屯长一名；每五屯为一曲，设军侯一名；每两曲为一部，设校尉一名；每五部为一营，由制定的将军担任指挥官。
戍卒令的颁布，无形之中废除了自秦汉以来，维持了数百年之久的军事结构，将原本等级繁多的军事框架，简化成了自上至下的六个等级，不但有效的缩短了军令下达的过程，使各级将士的行动更趋于迅捷，更是大大减少了将军们之中，有人利用空头士兵吃空饷的可能，起到了军中反腐的作用。