却说南北两军在长城一带交锋，北军连战连败，最后北军主帅梁王王禅，只好率败兵回到上都。朝野便立时陷入惊恐之中。虽然不久便传来陕军破关东出，连战连捷，以及四川又有遥相呼应之声，但那是远水救不了近火，齐王月鲁贴木儿率南军已对上都形成了包围之势。泰定帝皇后听到的敌军渐至、己军屡败的消息，望着不谙事理的幼主和无计可施的众大臣，不由得暗暗垂泪，整日里唉声叹气，束手无策。
王禅再次率军与南军交锋，仍是大败而归。又闻得辽东诸王已归大都，便知颓势难挽，大厦将倾，乃带了一支人马，假托夜间出城劫营，便逃之夭夭，自寻活路去了。
第二天众人不见王禅回转，心中更为恐慌。丞相倒剌沙见状，决定改换门庭，以求富贵。乃密遣人出城与齐王联络，约期献城。
次日，齐王率大军来至城下，倒剌沙大开城门，亲自捧着皇帝玉玺，率百官屈膝道旁，迎大军入城。
随着上都的陷落，历时四个月的两帝之争，到此结束。剩下的就是如何对逆臣叛将的处置了。
文宗恨不得将这些叛逆之臣一个个斩尽杀绝，但许多诸王及大臣们都坦诚进言，认为天下初定，应以稳定大局为重，对叛逆之人要分别处理，以服人心。御史中丞赵世延道：“对叛逆之臣不可不办，亦不可不分青红皂白一律严办。首逆者从重严办，胁从者从轻惩治，方能彰显我主盛德，安天下人之心。”荆王也速也不干道：“赵中丞所言甚当。一些地方将吏，误从上都，或身不由己，朦胧出兵，陛下当宽大为怀，纵有罪恶，也只宜夺官罢爵；至于一般胁从者，可分别不同情况，从轻发落，或不予追究，令其戴罪效力即可。绝不能弄得人人自危，以致祸乱又起。”
文宗从众臣之言，依议将倒剌沙等一班叛逆首要分子，以及后来逮住的王禅处死；诏谕四川的囊加台息兵止武，重归朝廷；对传檄陕甘、起兵东犯的靖安王阔不花专诏切责，令其罢兵认罪，开恩仍保留王位；对陕西行省主要官员，如平章只儿哈、探马赤，行台御史大夫也先贴木儿、御史马扎儿台等，予以削职为民等等。诏令一出，人心即安。