应该看到，慈禧收回事权有一个心理演变过程：
9月4日、5日，光绪未经请示就罢免礼部“六堂官”、任命军机四章京，威胁到慈禧的权力基础，让她产生了收回事权的强烈念头。
9月14日，光绪帝到颐和园请安，要求太后同意开懋勤殿，“太后不答，神色异常，（光绪）惧而未敢申说。”（41）
9月18日，收回部分事权后，慈禧仍未想到把事情做绝。
9月21日，慈禧收回光绪的全部事权，但她并没有全盘否定由自己批准而进行的戊戌变法。
9月22日，光绪帝仍然按计划祭祀社稷坛，还勤政殿，“见大人毕，还涵元殿”。当晚前后，袁世凯的“告密”传来，慈禧才怒不可遏，彻底撕破脸皮，开始大肆搜捕、镇压维新人士：23日，谕令捉拿张荫桓、杨锐、刘光第、谭嗣同、林旭等。25日，将康广仁、张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等8人关进刑部大牢；慈禧很可能已掌握光绪与“囚后杀禄”有关证据，所以，她决定废除光绪帝，并下达了为光绪求医的上谕，为废立做舆论准备。26日，谕令派军机大臣会同刑部、都察院对徐致靖、杨深秀等“严刑审讯”，宣布袁昶等主张废除的“詹事府、通政司、大理寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等衙门照常办事，毋庸裁并”。27日，谕令“限三日俱奏”。28日，又谕令派刚毅监刑，不经审讯，将康广仁、杨深秀、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第“即行处斩”……。10月4日以后，慈禧开始清洗、处罚大内有关人员。她亲自审讯，以“干预国政”、“串通是非”等罪名，将亲近光绪和珍妃的太监杨瑞珍、杨长文、张得明、戴恩如等4人残酷“杖毙”，活活打死后，“抛入万人坑”。另外10名同情光绪的太监，也分别处以“重责二百板、永远枷号”和“板责一百、枷号二年”的残酷刑罚。