收回事权的当天，慈禧太后便开始对维新派进行报复。她在下达给刑部尚书兼步兵统领崇礼的懿旨中写道：“谕军机大臣等：工部候补主事康有为结党营私，莠言乱政，屡经被人参奏，著革职，并其弟康广仁（显然是因为哥哥康有为而受到株连），均交步兵军统领衙门拿交刑部，按律治罪。”（33）其中，“莠言乱政”与康有为奏请聘用洋顾问等激进主张密不可分。处罚宋伯鲁的懿旨写道：“御使宋伯鲁滥保匪人，平素声名恶劣，着即行革职，永不叙用。”（34）这与他奏请重用康有为以及建议中、英、日等“合邦”不无关系。
初七日，太后单独审讯皇上一次。初八日，皇上率百官恭贺训政。太后旨，命皇上拜于阶下。礼成，复于便殿召群臣质讯皇上。将所抄皇上书房中及康有为寓中奏章说帖等件，逐条审讯，以诸臣质之。内有杨锐、林旭述上意，催康迅速出京之函。太后大怒，问皇上，皇上不敢认，推杨锐之意。时太后已接北洋袁世凯出首密告之事，追问皇上何意。上只得推康、谭，否则立受廷杖矣。当即饬下步兵统领捕拿张荫桓、徐致靖及新进诸人……（35）
如果袁昶在戊戌事变时没有特殊贡献，那么事变之后，康梁等人四处逃命，“六君子”血染菜市口，支持变法的徐致靖被永远监禁，李端棻、张荫桓被革职并流放新疆，甚至连地位低下的熊希龄、张元济等人都被查处……而“变法明星”袁昶不但没有受到慈禧的任何追究，而且还官运亨通，连他自己在诗中大发感慨，“一载三迁恩遇无”。（36）八月，袁昶调补“肥差”直隶布政使。
不久，身为顽固派的徐用仪（1826—1900，字吉甫，号筱云，浙江海盐人）在光绪“二十四年，皇太后再训政，复直总署，乃密荐太常寺卿袁昶。”（37）并得到批准。10月2日（八月十七日），袁昶调在总理各国事务衙门大臣上行走；