1578年，礼部奉慈圣皇太后旨意，选得锦衣卫指挥使王伟的长女王氏为万历皇后，并择得黄道吉日，由张居正等人主持，于2月19日完成了皇帝的大婚典礼。
对于16岁的万历皇帝来说，这次大婚并不是一件撼动人心的大事。他和这位13岁少女结婚，完全是依从母后慈圣的愿望。太后年高，望孙心切，在她心中对孙子的企盼是越早越好，越多越好。按照祖制，皇后一经册立，皇帝再册立其他妃嫔即为合理合法，她们都可以为皇帝生儿育女。
明代钦安殿祈求圣嗣相
万历九年（1581年）八月，万历派文书官传达太后意见：“命专选淑女，以备侍御。”太后的用意是很明显的，即为了增加皇室的后代。因为大婚后，王皇后一直未有生育，到万历九年十二月才生下了皇长女。当时任首辅的张居正心领神会，启奏说：今皇上仰承宗庙社稷之重，远为身世长久之图，而内职未备，储嗣未蕃，这也是臣等日夜悬切之事。但选用宫女事体太轻，恐怕名门淑女不乐意应选，不如参照嘉靖九年（1530年）选九嫔事例，上请太后恩准。
孝端皇后像
几天后，万历在得到太后同意后，命礼部查照嘉靖九年世宗皇帝选册九嫔事例，先于京城内外出榜晓谕，然后会同巡城御史，专访民间女子，凡年在14岁以上、16岁以下，容仪端淑，礼教素娴，及父母身家无过者，慎加选择，陆续送诸王馆。其北直隶、河南、山东等处，另差司官前去选取。
此事终于在万历十年（1582年）三月办成。万历在皇极殿宣布册选以下九嫔：李氏为端嫔，郑氏为淑嫔，王氏为安嫔，邵氏为敬嫔，李氏为德嫔，梁氏为和嫔，素氏为荣嫔，张氏为顺嫔，魏氏为慎嫔。
王皇后性情端谨，颇有孝心，但却是一位不幸的女性。她享有宫内的一切至高无上的尊荣，但却缺乏一个普通女人可以得到的欢乐。按照传统习惯，她必须侍候皇帝的嫡母仁圣太后，譬如扶持太后穿衣打扮、下轿上床；皇帝另娶妃嫔，她必须率领这些女人拜告祖庙。这种种礼节，她都能按部就班地照办不误，很得仁圣太后的欢心和群臣的称赞，以至死后被谥为“孝端”。万历十年以后，郑贵妃虽然倍受宠幸，但王氏能够忍耐不加计较，所以才保持了她在中宫四十二年之久的最高荣耀地位。