就在李济率考古队于1929年10月7日再次来到安阳殷墟开始第三次发掘，考古人员踌躇满志，热情高涨，渴望一举揭开商王朝的隐秘之时，却发生了一个意外事件，导致发掘工作不得不暂时停止。
事件的大致起因是，中央研究院历史语言研究所在殷墟发掘之初，曾与河南省政府商定，所获甲骨器物暂存安阳中学。但考古队为研究方便，于第二次发掘之后，将部分甲骨和器物从安阳中学取出运回了北京。这个消息很快被安阳中学校长报告给河南民族博物院院长何日章，深受旧的挖宝传统思想影响的何日章听罢大怒，立即将此事呈报给河南省督军韩复榘，并添油加醋地说了一番不利于李济等考古人员的坏话。韩复榘本是个粗人，一听说河南地盘的宝贝被北京方面的来人拿走了，当场下令：“河南是咱们的地盘，要挖宝，不用他们，咱自己来。”有了韩督军的指令，何日章如同拿到了尚方宝剑，很快率领一干人马杀奔安阳小屯开始挖掘起来，同时勒令李济等外省人“立即收摊回京，不准在此随便盗抢宝物”。如此一来，堂堂的中央研究院考古人员成了盗宝者，而河南省博物馆的一干人马却成了捍卫真理的卫士。冲突自然是不可避免了。双方剑拔弩张，各不相让，在僵持不下之时，争执双方各给自己的上司拍发电报，寻找支持。李济宣布发掘暂停，考古人员就地待命，自己与董作宾匆匆赶回北京，将发生的具体情况向傅斯年作了汇报。
1931年春，第三次殷墟发掘时，史语所“四巨头”在发掘工地留影。左起：董作宾、李济、傅斯年、梁思永。（李光谟提供）
鉴于已造成的矛盾与冲突，傅斯年不得不全力斡旋，力争协调中央政府和地方政府的关系。最后由中央研究院院长蔡元培出面呈请国民政府，打电报给河南省政府，请其继续保护和配合中央研究院的发掘工作，并让何日章无条件地停止挖掘，以免造成破坏。经过反复协商，双方终于达成了几条协议，大致内容是中央研究院在发掘的同时，应注意维护地方政府的利益，所获古物双方共同拥有等等，一场冲突遂告平息。