同治元年
咸丰十一年十一月初一，慈安、慈禧两宫皇太后“御养心殿垂帘听政”。慈安对政治不感兴趣，谨守后宫之德。慈禧则野心勃勃，善于玩弄权术，可此时的她既缺乏执政经验，在朝中又无根基，且还要应对内外危机，这些都不是她所能担当的。垂帘听政之初，慈禧将大政都托付给了小叔子奕訢。此时的慈禧“小心谨慎，不便明揽大权。但事事留心，以得政治学术之经验。”
奕訢控制了内府、外廷、宗室，其权力之大，为清代前所未有。奕訢身上承载了诸多的期望，很多大臣将他比作周公，希望他能有所作为，使大清国摆脱内外困境，一举振起。辛酉政变之后，奕訢在人事上做了诸多调整。十一月十八日，以曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省，巡抚以下各官都受曾国藩节制。十一月二十一日，祁寯藻、翁心存、李棠阶等被闲置的大臣也被起用，肃顺的党羽陈孚恩则被革职发配新疆。
同治元年之后，两宫皇太后名义上是垂帘听政，实际上把一切都交给了奕訢。奕訢以议政王的身份主持军机处，操控一切政务，“所承之旨，即军机之旨。所书之谕，即军机之谕。”恭亲王奕訢以议政王身份在军机处行走，军机处的廷寄格式也发生了改变。军机处所发廷寄，开首语书写“议政王、军机大臣字寄”字样，突出了奕訢的政治地位。
奏折呈递，惯例是先交到皇帝手中，再发军机处。此时改由两宫皇太后阅览后，再发交议政王军机大臣讨论。军机处讨论妥当，于当日召见时将处理意见汇报给皇太后，然后再由军机处拟旨，最终决定权仍然掌握在两宫皇太后手中。此时军机处所拟定的谕旨，慈禧只是“偶有更动”，绝大多数情况都是顺利通过。
军机处虽有议事，大体上是恭亲王一人说了算。奕訢大权独揽，在军机处内部具有决定权，各部对他也是极力奉承，揣摩他的心意行事。奕訢权力的扩大，让慈禧有所警惕，特意命令各部，“一切应办事件，各有专司，只宜勘酌例案，不准多所揣摩。”又颁发谕旨，令言官对议政王、军机大臣加以监督。