(2)重修规划的实施。
菩陀峪慈禧陵重修工程于光绪二十一年（1895）十一月破土，二十二年二月正式动工，因为这是一项先拆后建的工程，所以，至光绪二十四年三月，宝城、方城、明楼等各主要工程方“拆卸将次告竣”。此间，又陆续勘估东西配殿、东西朝房、宝城周围罗圈红墙等工程，到最后实施时，工程项目共达41项。除项目不断增加外，施工中，根据慈禧懿旨，木石等各项用料标准也不断提高，先后将大殿原奏柁柱梁桁系用梴楠木，斗棋系用南柏木，檐椽望板槛框等项用杉木、松木、椴木，即原拟用旧木五成，改为“除上下檐斗栱仍照原估用南柏木成做外，其余均改用黄花梨木”；东西配殿亦仿大殿一切做法，改用黄花梨木；并将方城压面石、大殿栏板石、荷叶沟等处石料原估“挑换新石五成，选用旧石五成”，改为“一律换用新石”。
对于工程质量，承办人员更是丝毫不敢马虎，每一项工程都制定了详细的做法清册，包括在某处钉多少钉，涂几遍油等无不一一列入，工部屯田司档案中有一部分菩陀峪各工做法清册，详尽记载了这方面的情况。施工期间，逢八国联军入侵，被迫停工两年，光绪二十八年（1902）二月重新开工，先后派永隆、铁良、玉山等轮流驻陵监工，整个重修工程，一直延续到慈禧去世前的光绪三十四年（1908）十月才彻底完成，前后用时14年。
这次重修工程，承修工程处借用的是神机营关防，由于八国联军入侵北京，神机营档案丢失，所以这次工程到底动用多少人力，耗费了多少银两，无法查到最终确数，但可据现有资料做一估算。首先是前面所介绍的第一次勘估宝城、方城、明楼，大殿等主体工程需用银597067659两；继之光绪二十二年十二月又续估拆修东西殿、东西朝房、东西焚帛炉等工程7项，除行取物料61种，折合物料银72832254两外，加上工价运脚等，共用银130233017两；光绪二十四年闰三月再次续估宝城外周红墙各工经费，除行取物料18种，折合银两11611两，加上工价、运脚等，共用银1604994两；光绪二十四年闰三月大殿及东西配殿木植拟均改用黄花梨木、宝城等处石料拟全部换用新石，又追加经费一次，由于此前只有梨木板价而没有原梨木价，所以用银多少无法计算，但根据外务部档案，光绪三十年（1904）修惠陵隆恩殿和前门城楼时，在新加坡购买原条木价格推算，至少要10万两。为此，户部于光绪二十二年先筹拨工程银100万两，二十五年又筹拨银50万两，二十八年工程复工后，见于档案记载的又于二十九年二月由户部拨银一次。显而易见，这次重修工程用银总数远在150万两以上，若再加上第一次兴建时用银227万两，慈禧陵是清朝所有帝后陵中耗用银两最多的。巨额的投入换来了重修后的慈禧陵的超豪华。