南宋恭帝及太后宗室的出降，标志着存在了320多年的宋朝基本结束了，但南宋的遗孤遗臣依然在南方对元人进行着顽强的抵抗。
当时淮东、真州、扬州、泰州仍然被南宋的遗臣李庭芝、姜才、苗再成等人坚守。从临安逃出的张世杰、陈宜中、陆秀夫、文天祥等人则很快在福州拥立益王赵昰为帝。就在这个时候，伯颜回到了蒙古，因为元朝内部又出现了叛乱，蒙哥之子昔里吉起兵。元朝人把主要的注意力北移，给了南宋的遗老遗少们一定的喘息时间。
在这段时间里，真正做到有效抵抗的只有李庭芝与姜才协守的扬州。
留在南方的元将阿术对扬州屡攻不下，正好临安已经投降，伯颜将太皇太后谢氏谕降李庭芝的手诏送到阿术军前。阿术立即命人在城下宣诏，李庭芝听完宣读后说道：“我只知奉诏守城，没听到有诏谕命令我归降。”
阿术没办法，只好继续攻城，依旧不克。后来李庭芝听说南宋皇室被虏北上，痛哭流涕，尽散家财劳军，令姜才率兵4万截击瓜洲，想要夺回两宫。姜才率军出战，与元军血战6个多小时，元兵为防有失，劫持南宋皇室后撤。姜才紧追不放，边追边打，到浦子市，遇到前来支援的元军。阿术亲自督战，前后夹击姜才，姜才自知兵少久战难以取胜，只好撤退。阿术爱惜姜才勇猛，令人招降。姜才慨然回答：“我宁可死，怎么可能作降将呢？”同时，守卫真州的南宋遗臣苗再成也出兵夺驾，但都没有成功。
这次战役结束后，阿术又多次以太后谢氏的名义谕降李庭芝。李庭芝不答，命士兵发弩射死谕使。阿术于是遣兵守高邮、宝应，断绝扬州粮道，跟着又用谕旨招降李庭芝，李庭芝再次杀死谕使。这时淮安、盱眙、泗州均因粮尽出降，只有李庭芝力战不屈，粮尽就将铠甲上的牛皮煮了吃。扬州城内出现了兵民易子相食的悲惨景象，李庭芝仍守城不降。恰在这一时刻，张世杰、陈宜中、陆秀夫等人在福州拥立益王赵昰称帝，召李庭芝为右相。李庭芝接诏，令制置副使朱焕守扬州，与姜才率兵7000赶往泰州。没想到李庭芝刚出城，朱焕就献城出降了。李庭芝马上受到了元军的追击，只好逃入泰州，泰州裨将孙贵、胡惟孝也偷偷打开泰州北门接应元兵，李庭芝和姜才被俘，先后被杀。