忽必烈改“元”之后，就对吐蕃地区加强了中央的管辖。在元朝，对吐蕃地区的管理采取了设立宣政院、宗王分镇与帝师的统领、完善地方机构和设立驿站、统计户籍等措施。由于吐蕃地区封建制的确立与藏教的形成相辅而行，在经济上也出现了二者同步发展的局面，因此，元朝在吐蕃地区的管理也多采用政教合一的方式。其中，最重要的一点就是用具有政教合一身份的帝师对吐蕃地区进行管理。
帝师其实是元代皇帝授予藏教僧人的最高神职。元代的第一位帝师是八思巴，可以说在中央与吐蕃的关系中，八思巴起到了重要作用。
八思巴生于1235年，是藏教萨迦派高僧萨班的弟子，同时也是他的侄子。“八思巴”在藏语中的意思是“圣童”，是藏民给他的美称，因为八思巴7岁时就能熟读佛经，知道经文的大意了。1247年，萨班到凉州与阔端谈议吐蕃归附蒙古的事项，年仅8岁的八思巴也一同随行。萨班走后，八思巴作为人质留在了凉州。这样，他童年的大多数时间是在蒙古人的宫廷中度过的，所以八思巴受蒙古文化的影响很大。萨班去世后，15岁的八思巴作为萨班的继承人，到六盘山拜见了忽必烈。忽必烈一见到他就非常喜爱，把他留在了身边。
八思巴19岁的一天，他给忽必烈讲授《喜金刚·大灌顶》时说：“藏教是从天竺传来的。佛法的宗旨是要救度一切众生，引导众生到达涅槃的境界，过极乐世界的生活。要达到这个境界必须严格遵守三藏经典中所阐述的戒律而修行。假如一个人违背了三藏中的戒律，他将转生在阿鼻地狱中受苦……”可见八思巴是位虔诚的藏教高僧。
1260年，忽必烈抢在阿里不哥前宣布继承汗位，出于政治上的考虑，他封八思巴为“帝师”，赐玉印。1264年，忽必烈设立了专门管理全国佛教事务和西藏地方军政事务的机构——总制院，也就是宣政院的前身，命刚刚29岁的八思巴掌管。到后来，由帝师管理宣政院也就成为一种惯例。