1311年，武宗的弟弟爱育黎拔力八达以皇太子身份主政，立即废除了尚书省，捕杀了脱虎脱等人，在同年1月18日即位，是为仁宗。
仁宗在位的时候，国内局势相对稳定。虽然对蒙汉之间的隔阂仍未消除，但他却注意任用汉人中的南人，他在位期间，中书省先后担当过中书平章政事和其他要职的汉人就有15位之多。他实行废弃多年的科举制度，命人用蒙文翻译了《孝经》《烈女传》《大学衍义》和《贞观政要》等书。可以说，仁宗是继忽必烈后，元朝十位皇帝中唯一的贤主。
仁宗统治前期推行汉法。首先，他力图抑制诸王贵戚们的权力，以加强皇权。其次，仁宗想用儒术澄清吏治，强化政治的运作程序。
1313年4月，仁宗废除了诸王封地。为防止镇北亲王们拥兵夺权，仁宗命驸马丑汉出总北军，加封为安远王，并加强了居庸关的军事守备。为澄清吏治，仁宗严禁近侍干政，整顿选法，重用儒士。1314年，元朝举行了实行科举制度后的第一次乡试。考试仍以对程朱理学、儒学等经典阐释为判卷标准，用来推动理学的传播普及。这一次科举考试的意义很大，自从13世纪30年代元朝灭金，科举取士制度在中原汉地停废了近一个世纪，仁宗复科，对当时的整个社会都产生了震动性的效果，给汉族儒士带来很大的希望。尤其是处于压抑状态中的士人，更把它看作是“文运将兴”的标志。不过元朝科举取士的规模相当有限，对于真正改变当时的政治构成并没有太大的作用。
李孟是仁宗统治时期的名臣。他是山西人，曾做过武宗和仁宗的老师，并且还扩充了“国子学”的教学内容，教出了不少蒙古子弟与汉人、南人子弟。成宗时李孟做过礼部侍郎，后来跟随仁宗住在今河南沁阳。成宗去世后，他随仁宗入京，在武宗海山的夺权过程中起到了一定作用。