忽必烈奠定了元朝这个前所未有的多民族王朝的制度框架，但也为后代遗留下了诸多问题。
例如汗位的继承问题、多民族和谐相处的统治问题、货币制度与税收制度的完善等。而在忽必烈以后，从成宗到顺帝继位这39年里，汗位的转移往往伴随着阴谋、弑夺，甚至发展为大规模的内战。元朝政局动**，帝位更迭9次，在位时间最长者11年，最短不过53天，使得元朝中后期缺乏一位真正的守成之君来解决忽必烈遗留的众多问题，将元朝引入长治久安的道路。
忽必烈逝后的39年里，蒙古的制度与中原儒学思想不断发生冲突。蒙古人将天下视为成吉思汗子孙的共同财产，新帝即位常常都要花费巨额的钱财赏赐宗亲贵族，造成了元朝财政的重大负担。武宗海山即位后，就因大肆赏赐宗亲贵族，出现了赏赐“未及一半”而两都（大都与上都）府库尽空的局面。这就导致了政府大量印钞，弥补亏空的事情。乱发纸币的结果就是使财政系统紊乱，成为元朝后期农民起义的一个原因。在这种情况下，伯颜执政加深了民族分化政策的力度，更使得蒙古、色目人与汉族人民之间始终存在的巨大鸿沟愈加明显。元朝的最高统治阶层，与他们所依赖的统治基础经常发生冲突。在中原地区，占优势的儒家思想与回族以及游牧文化间的冲突，形成了贯穿元末始终的矛盾。
顺帝13岁即位，在20岁前，他受权臣的控制，不能亲政。20多岁时，顺帝在脱脱的帮助下铲除了权臣伯颜。掌握朝政的最初9年，他励精图治，应该还算是一个不错的君主。而后期，顺帝却生活腐化堕落，在天灾人祸不断、九州大乱的情况下不理朝政，只知**乐，最终加速了元朝的灭亡，成为一个不折不扣的昏君。元朝宫廷也终于没能摆脱忽必烈以后内乱不断的局面。