顺帝即位7年后，于1340年，追查其父明宗被文宗谋害的事，将文宗庙主撤出了太庙，安置文宗后于东安州，将文宗子（即先前的太子）流放到了高丽，到这个时候，“帝位之争”才算告一段落。在同一年，顺帝在脱脱的帮助下击败了权臣伯颜，将统治权力真正掌握到了手中。而在这一时期，元朝积弊已深，顺帝要想力挽狂澜，每一步都要小心，都不能出错。
从1344年顺帝亲政，至1349年间重新起用脱脱，这时期顺帝面对连年的天灾和愈演愈烈的社会动乱采取了一系列的措施，但是成效并不明显，问题反而越来越多。1344年5月，黄河暴涨，先是白茅堤溃决，6个月后，金堤又被冲垮。黄河中下游，即今天的河南省东北部，安徽、江苏两省的北部，山东省南部和河北的部分地区，都被洪水淹没，成为万里泽国。黄河泛滥不仅严重妨碍了漕运，更威胁到了盐场的安全，直接扣住了元朝的财政命脉，使本来就处于紧张状态下的元政府财政更加入不敷出。而水灾过后，就是严重的饥荒与瘟疫，这对元政府来说更是雪上加霜。不过20多岁的元顺帝必须积极主动地解决一切问题。于是，他在1349年7月，召回了称病在家的脱脱，重新任命他为右丞相。
脱脱的这次改革并不能说是成功的。为了缓解元朝政府的财政问题，他在1350年底，印行了没有准备金的“至正交钞”，铸造新铜钱进行流通。因为没有准备金，新的货币如同废纸一样。形成了以滥发新钞搜刮民间至元宝钞的态势，造成了更大的经济危机。导致老百姓避虚就实，先是舍钞用钱，最后连钱都不用，回到了以物易物的原始状态。给百姓带来更多苦难的是脱脱对黄河的治理。1351年5月，脱脱动用民工15万，监工军队2万，开始了他庞大的修河工程。脱脱将黄河水由哈只口引入黄河故道，再东引到徐州，入淮河后流进大海。尽襄阳炮（模型）管脱脱治理住了洪水，但却在这次治理黄河的过程中引发了比洪水更可怕的、大规模的农民起义。造成起义的原因很多：首先，民众是被强征为河工的，而不是出于自愿。而工程中元朝政府发放的工资货币——“至正交钞”更是毫无用处的废纸，即使这样还多被监工贪污克扣。其次，在修河道的过程中，众多民工因饥饿和繁重的体力劳动致死，民怨沸腾。在这关键时刻，他们的怨恨与愤怒被白莲教利用、点燃，最终成为一场无法遏制的大起义。