元朝人最初也是想要把东南亚热带雨林地区纳入到他们的统治版图之内的，但元朝人对东南亚地区的扩张遇到了困难。
1257年，忽必烈征服云南各部后，蒙将兀良合台便遣使至安南“谕降”，使者被安南国扣留。1258年初，兀良合台率军侵入安南，这一次蒙古人取得了胜利，达到了预想的战略目的。兀良合台占领了安南京城升龙（今河内），9天后撤回。忽必烈即位后，封安南国主为“安南国王”，允其三年一贡，并派驻达鲁花赤。1267年和1277年，忽必烈两次遣使安南，以国君亲朝、质子、上户籍、出军役、纳赋税、置达鲁花赤六事责成。
但由于忽必烈不断地对外扩张，繁重的赋税与军役激起了安南人的反抗。1284年，忽必烈遣军借道安南侵略占城，并要求安南提供军饷，被安南拒绝，于是元军对安南再次用兵。结果因不适应当地气候环境，死伤众多，狼狈败回。1287年，忽必烈再发大军征讨安南，依旧陷入安南的游击战和雨季的泥沼中，又以失败告终。无论是从军事实力，还是从物质资源上看，安南都不具备与元朝抗衡的能力。安南能在两次战争中取得胜利，主要是因为东南亚的气候与地理条件对元人不利，以及元军将领在战争中指挥失当。安南王陈日炬很清楚地认识到了这些，所以不想再起战端。他第二次击败元军后，立即派使者前往元朝，归还了所有俘虏，并进贡金人代替自己赎罪。可忽必烈不甘心失败，打算在1293年再次出兵安南。1294年忽必烈逝世，成宗铁穆耳即位后采取“守成”政策，停止了征讨安南，战争才算告一段落。
占城国在安南的南边，1280年占城国国主就派遣使者到元廷称臣纳贡。1281年，忽必烈封占城国国主为“占城国王”，同时在占城设占城行省，作为对外扩张的据点。而在1283年底，忽必烈以占城扣留元朝出使海外的使者、“既降复叛”为理由，派兵对占城进行讨伐。但由于安南拒绝借道，1284年征占城的元军奉命北攻安南，讨伐占城的战役就此结束。元成宗后，安南王遣使与元朝通好，占城也多次进贡，所以，东南亚局势基本稳定。