朱棣是以诛讨主张削藩、变乱祖制的奸臣为借口起兵的。但是，他当皇帝后，在对待藩王的问题上，却不怕冒违反祖制之大不韪，同样是采取削藩政策。他本人以藩王起兵夺取帝位，对于军权过重的藩王和中央皇权的矛盾对抗这一教训，是认识得很深刻的。他即帝位后，为掩人耳目，恢复了周、齐、代、岷4位亲王的封藩，但过不了几个月，就又找个罪名，削除代王和岷王的护卫军队。接着，永乐四年（1406年）废齐王为庶人。十年（1412年），辽王的护卫军队被削除。朱元璋时代护卫军队众多的宁王，也于永乐二年（1404年）被从边塞改封在南昌。宁王到南昌后，以韬晦为计，建筑华丽的宫殿，终日躲在里面鼓琴读书，所以在永乐帝时代得保无事。周王为了减少永乐帝的疑忌，就自动献出护卫军队。在几年的削废中，威胁最大的几位塞王的护卫军队几乎全被解除。朱棣削藩的结果，加强了中央集权的封建统治，使国家统一的基础更为坚实、牢固。
削藩之后的问题是如何处理北面的边防。朱元璋所以给边塞亲王那么大的军事权力，目的是要他们镇守北面边防。而现在骤然尽释诸王军权，面对倏忽往来的蒙古骑兵，如何弥补因削藩而削弱的边防力量呢？永乐帝决定迁都北平，一则北平是他的发祥地，二则地近北面边防，天子居此，正所谓居重御轻，可以直接加强对边防的防守。
永乐元年（1403年），永乐帝定北平为北京。打定迁都的主意后，就着手修浚大运河。元朝增修通惠（自北京至通州）、济州（自山东济宁至东平）、会通（自东平至临清）三河，连接隋代的运河成京杭大运河，但从没有全线通航过。洪武二十四年（1391年），黄河在原武（在河南原阳西南）决口，临清至济宁的会通河（元修济州河在会通河之先，会通河修成后，人们连其北段的济州河也通称全通河）淤塞报废。永乐九年（1411年），永乐帝命疏浚会通河，引汶水和泗水入其中，沿线建闸38座。其后，又派官在淮安到扬州的这一段修筑堤堰，以防淮水侵漕和运河水分泄。至此，京杭大运河才真正畅通。运河的修通，使得南方的粮米和丝帛等物资能通过漕运源源不断地输往北京，保证了首都的物资供应。北方的物产也能通过运河南运，增强了南北经济的交流。