● 佛教
元代最盛行的宗教是佛教，尤其是藏传佛教，忽必烈即位前，受戒于吐蕃高僧八思巴，即位后即尊八思巴为国师（授以王印，任中原法主，统天下教门），教高于其他佛教派别的地位由此确定。至元六年（1269年），八思巴制成蒙古新字，忽必烈升其号为帝师。此后遂成定制，元朝皇帝即位，必先受佛戒九次方正大宝。同时，帝师也成为元朝诸帝供奉的最高神职，被尊为皇天之下、万人之上的神圣职位。元朝帝师共十二人，都是来自西藏的高僧。其中多半出自八思巴一家，有的年仅十二岁便成为帝师。
帝师不仅在元廷享有极高的地位，而且作为全国佛教的最高领袖倍受尊崇。忽必烈曾把西藏十三万户封给第一任帝师八思巴作为供养地，使之成为西藏地区最高统治者。帝师往来于京城西藏，百官均隆重迎送。其在世时接受大量的布施、赠赏，死后赐金亦十分优厚。帝师的子弟、门徒也大多受封官号，享有极大的特权。元朝做佛事之频繁、规模之大、用度之巨都是十分罕见的。
至顺二年（1331年），元廷在全国设广教总管府十六所，统一管理佛事。总管府总管由僧人担任，其他官员由宣政院任命世俗官员担任。
这一时期寺院势力增大，出现了强占民田、私隐纳税户和巧夺民财等不法行为，为此，设此机构以对寺院进行限制。但由于该机构并未起到这些作用，所以到1334年又废除了，恢复了旧制。
● 全真教
全真教在金时成立，教主是王重阳，受到金统治者重视。
成吉思汗十四年（1219年），成吉思汗派使节邀请丘处机西行。丘处机率十八名弟子登程，经历十余国，行程万余里，于成吉思汗十六年（1221年）到雪山朝见了成吉思汗。成吉思汗问他长生之术，他对以“清心寡欲为要”，并劝告说：“欲一天下者，必在乎不嗜杀人。”希望成吉思汗以敬天爱民为本。这些劝告对减少蒙古军的杀戮多少起了些作用。成吉思汗称他为“丘神仙”，下诏由他管领天下道众，赐以虎符、玺书，免除全真道士的赋役。成吉思汗十八年（1223年），丘处机在成吉思汗派出的千骑护送下从漠北回到燕京。丘处机在燕京住于大天长观（太极宫，后改名长春宫），四方招揽徒众，人数大增。全真教达到极盛，成为北方最大的道教教派。