中国宗教以神鬼构成为系统，殷周以来，神鬼世界的大轮廓已经划定，可是在局部问题上的争议还是时有发生。秦汉至魏晋就是变化比较大的时期之一。这场变革主要导源于郑玄与王肃经学上的争议。而理论冲突的背后则是曹氏与司马氏两大士族集团的政治斗争，宗法宗教与政治的紧密关系于此可见一斑。
郑玄是宗教的集大成者，郑玄关于宗法宗教的见解的影响是比较大的，他的见解主要表现在“三礼”注疏中。他的观点对汉、魏之际宗教礼仪的修订具有指导性。郑玄对“三礼”的注疏虽然在训诂考据上下了极大功夫，集汉代今、古文经学之大成，但是也带有明显的时代局限性。郑玄受汉代流行的谶纬神学思潮影响，盲目迷信圣人经典，对经文产生年代和可靠性缺少批判精神。他认为经典一律出于先秦圣人之手，忽略汉儒在收集整理经典过程中杜撰假冒的可能性。结果郑注在许多地方混淆了汉代的宗教与周代的宗教，导致了宗教理论与实践的混乱，为后代宗教的发展产生了不良影响。
曹魏时期，曹氏集团采纳了郑玄之说。魏明帝景初元年始营南委粟山为圆丘，祭昊天曰皇皇帝天。自称曹氏出自帝舜，以帝舜配。于方丘祭皇皇后地，以舜妃伊氏配。南郊祭天曰皇天之神，以太祖武皇帝配，北郊祭皇地之祗，以武宣皇后配。以高祖文皇帝祭于明堂配上帝。这样做是为了借宗教神灵的迷惑性确立皇室的正统统治地位。曹魏政权的这个天神祭祀系统不仅从理论上导致了神权的紊乱，政治上也不利于“神道设教”这个大目标，因而受到王肃及其门徒的猛烈攻击。王肃作《圣证论》，集中批驳郑玄的观点。他认为古代宗教中圆丘与郊同为祭天之处，昊天与上帝不容有二。古代并无感生帝之说，五帝就是五人帝，原是古代五位圣王，五帝非天。王肃之女适司马昭，生晋武帝司马炎，于是随着王朝的变迁，王学与郑学的地位也相应转换。晋武帝希望借政治统一的机会对宗教神学观念进行一番整顿，再反过来保证政治上的统一。他完全采纳了王肃的主张，认为五帝乃昊天之气在五方的不同表现，实为一神所化，天上只有昊天上帝为最高神，不仅要除汉代五郊祭祀，且于南郊、明堂除五帝之座。这样便简化了祭祀天地的礼仪，将冬至圆丘祭昊天合并于正月上辛（第一个辛日）南郊祭天；夏至万泽祭地祗合于北郊祭地。有时两郊与宗庙还同时进行。