在李世民铲除了窦建德和王世充之后，大唐王朝的地位越来越稳固。这个时期，地方割据势力中只有萧铣实力稍强，不过他安居江南，不足为患。李渊看到统一天下有望，赶紧宣布大赦天下。然而，窦建德的余党又形成了反唐势力，且渐成气候。
原来，李世民宅心仁厚，在铲除了窦建德之后，并没有彻底清剿余党，而是把他们遣送回原籍，并且叮嘱地方官善待这些人。结果，地方官对这些余党恨之入骨，不但没有善待他们，反而还抓捕他们，对他们施加重刑。为此，窦建德的余党无心生活，对大唐王朝的怨气越来越大，最终又开始起义，并且推举刘黑闼为首领。
刘黑闼和窦建德从小一起长大，他有勇有谋，先是参加了瓦岗军起义，后来投奔到王世充的麾下，最后又为窦建德效力。窦建德很器重刘黑闼，封刘黑闼为东汉公。看到窦建德兵败，刘黑闼回到故乡潜伏起来，伺机而动。后来，大家一致推举他当起义军的首领，他也就顺水推舟，率领起义军开始对抗大唐。刘黑闼率领的起义军队伍势如破竹，很快就杀死了唐朝的一些官员，还占领了很多州县。原本，刘黑闼率领的起义队伍只是星星之火，却在快速发展的过程中形成了燎原之势。
为了尽快壮大队伍，刘黑闼还暗中向对大唐王朝投降之后被封为鲁国公的徐圆朗求助。徐圆朗下定决心要反抗大唐王朝，因而突袭了李渊的大将盛彦师。盛彦师对大唐忠心耿耿，拒绝了徐圆朗的邀请。徐圆朗为了争取民心，没有杀害盛彦师，后来盛彦师逃出了徐圆朗的队伍，回到大唐王朝，成为州刺史。
在刘黑闼的影响下，窦建德的老部下们都蠢蠢欲动，他们联合起来杀害了很多唐朝的官员。因为人心很齐，刘黑闼带领窦建德的老部下们，只用了几个月的时间就从大唐抢回了原本属于窦建德的地盘。李渊才刚刚松了一口气，现在看到刘黑闼的起义军队伍不断发展壮大，心急如焚。他再次派李世民和李元吉率领大军赶赴山东。在大唐建立之初统一北方的战争中，这是李世民指挥的最后一次大规模战役。