李秀成上海回军的一个原因，是因浙江嘉兴被围困，十分危急。
嘉兴是李世贤军与殿后军陈坤书、陈炳文等于6月15日攻占的。李世贤离开后，由两陈镇守。
嘉兴是浙西重镇，占领嘉兴，打开浙江门户，南下杭州，席卷两浙，且亦巩固了苏州后方。李秀成的重视苏南战略定位，也注意浙江占领的要紧。嘉兴就是入浙的门户和通道，必须巩固的。
太平天国在嘉兴城头升起了黄旗的第二天，清军就组织了反扑。几天之后，嘉兴各门外就麋集了各支清军，统帅是江南大营残军提督张玉良。
张玉良人马有万余，新任浙江巡抚王有龄以丰厚的军饷、粮草补给，使他死灰复燃，反攻前来。张玉良以优势兵力，步步为营，紧逼各门。嘉兴被围两月，无日不战。
王有龄新官上任，为向清帝作个表示，除勒令张玉良务须必克嘉兴，他自己也全力以赴。7月下旬，当英王陈玉成大军由江苏宜兴南下，攻克浙西长兴、安吉、于潜、临安和余杭，直至杭州卖鱼桥，逼近杭州城时，也未调遣张玉良军前来解围。后来陈玉成因患病撤回去了，他没有声援或派出部分兵员出援嘉兴。
陈坤书、陈炳文向李秀成告急。
李秀成自上海撤退后，经松江、苏州关王庙取道南下。8月28日占嘉兴北的嘉善，8月31日又占嘉兴东的平湖。
9月4日，李秀成自率大军至嘉兴，与张玉良围军对峙。他不急于进攻，而以李世贤军至石门，断张玉良部退路。
李秀成与李世贤联手，还动用了炮船上装备的大炮，在嘉兴南门和西门外大破张玉良军。据称，李秀成自引军十余万人马，再加上李世贤军和城军，连续五日五夜鏖战，使张玉良军在车轮战中，疲劳不堪，不得休息。李秀成又富于灵巧战术，分军一部于东、北两门外，抄敌后路，将敌西南一路营寨全包裹在内，凭借绝对优势兵力，分割张玉良部围军。