法净寺为扬州著名丛林之一，古名“大明寺”，又称栖灵寺，创建于南北朝刘宋孝武帝时。孝武以大明纪年，遂以大明颜其额。隋炀帝时亦称“西寺”，因其行宫居于寺之东。清康熙“南巡”时，改名“法净寺”。唐代赴日传播文化的鉴真和尚，就是在这里接受日僧的邀请而东渡出海的。
唐代的大明寺早毁，明万历年间扬州知府吴秀重修，崇祯十二年（1639年）巡漕御史杨仁再兴建。清顺治时赵有成、雍正时汪应庚等又两次修建。1853年左右毁。迨清同治中，两淮盐运使方濬颐重建。1934年又重修。
寺东原有塔。隋仁寿元年（601年）建九层，颇负盛名，李白、高适、刘长卿、刘禹锡、白居易等都来攀登过。唐会昌三年（843年）火焚。宋景德元年（1004年）可政和尚重建，又圮。可证前者应为木塔，后者则为砖塔。
从曲折的瘦西湖，一直延伸到蜀冈南麓的“平山堂”坞，经登山御道抵寺。山门额为“敕建法净寺”，计三间单檐硬山造。前有一牌楼，正面题“栖灵遗迹”，另一面题“丰乐名区”，姚煌书。石狮一对，刻法工整，为清帝“南巡”时之物。山门东壁上嵌配以王澍书“天下第五泉”五字。大殿面阔三间带周廊，重檐歇山造，前后附加硬山披廊。其后原有万佛楼、方丈等建筑，现都不存。殿东，前通“文章奥区”额一门，达平远楼。《扬州画舫录》卷十六云：“最上者高寺一层，最下者矮寺一层，其第二层与寺平，故又谓之平楼。”今楼虽为清同治间重建，而制度仍依旧。其底层后尚有暗室，从外面不能察。楼前有院，其东隅尚存清道光御笔“印心石屋”四字横形巨碑。楼东即瘦西湖二十四景中的“双峰云栈”“蜀冈晚眺”与“万松叠翠”。清方濬颐有联云：“三级曩增高，两点金焦，助起怀前吟兴；双峰今耸秀，万株松栝，涌来槛外涛声。”今游客登楼，便能有此感觉。楼后有厅三间，前施抱厦，曾移“晴空阁”一额于此。再后为报本堂（曾额四松草堂）。报本堂东为悟轩，原多牡丹，故曾移额“洛春”张之。诸堂前皆点石栽花，而蕉丛尤为胜色。是区北之余地，疑即栖灵塔故址，鉴真和尚纪念馆建造于此。馆为梁思成教授设计，仿日本唐招提寺，纪念碑据唐式，额系郭沫若同志题，记由中国佛教会赵朴初会长撰书。余皆参与其事。