在《德意志意识形态》中，马克思对形而上学的批判得到了进一步的深化。在该书中，马克思明确地把形而上学归结为“意识形态”，把“形而上学”与“道德”、“宗教”、“形而上学”和其他意识形态并提，指出以“从事实际活动的人”及他们的“现实生活过程”为出发点，“道德、宗教、形而上学和其他意识形态以及与它们相适应的意识形式便失去独立性的外观。它们没有历史，没有发展；那些发展着自己的物质生产和物质交往的人们，在改变自己的这个现实的同时也改变着自己的思维和思维的产物”；马克思把“自我意识”和“宇宙精神”等称为“形而上学的怪影”，认为世界历史的转变不是“某个形而上学怪影的某种纯粹的抽象行动，而是完全物质的、可以通过经验证明的行动，每一个过着实际生活的、需要吃、喝、穿的个人都可以证明这种行动”[50]。
《哲学的贫困》是马克思对形而上学的理论本质进行深刻批判的重要文献。在其中，马克思以“政治经济学的形而上学”为题，对蒲鲁东政治经济学的形而上学基础进行了深入的分析。马克思认为，形而上学的思想根源就在于通过抽象，把一切都置换成逻辑范畴，“形而上学者认为进行抽象就是进行分析，越远离物体就是日益接近物体和深入事物。这些形而上学者说，我们世界上的事物只不过是逻辑范畴这种底布上的花彩；在他们自己看来，这种说法是正确的。哲学家和基督教徒不同之处正是在于：基督徒只知道逻各斯的化身，不管什么逻辑不逻辑；而哲学家那里则有无数这种化身。既然如此，那么一切存在物，一切生活在地上和水中的东西经过抽象都可以归结为逻辑范畴，因而整个现实世界都淹没在抽象世界之中，即淹没在逻辑范畴的世界之中”；在此基础上，马克思揭露了这种形而上学作为一种“哲学方法”的实质：“这种绝对方法到底是什么呢？是运动的抽象。运动的抽象是什么呢？是抽象形态的运动。抽象形态的运动是什么呢？是运动的纯粹逻辑公式或者纯理性的运动。纯理性的运动又是怎么回事呢？就是它安置自己，把自己跟自己对置，自相结合，就是它把自己规定为正题、反题、合题，或者就是它自我肯定、自我否定和否定自我否定。”[51]马克思指出，把这种形而上学的方法应用到政治经济学上，就会“得出政治经济学的逻辑学和形而上学，换句话说，就会把人所共知的经济范畴翻译成人们不大知道的语言，这种语言使人觉得这些范畴似乎是刚从充满纯粹理性的头脑中产生的，好像这些范畴单凭辩证运动才互相产生、互相联系、互相交织”。