哲学与科学，同为有系统之学说。其所异者，科学偏重归纳法，故亦谓之自下而上之学；哲学偏重演绎法，故亦谓之自上而下之学。古代演绎法盛行之时，但有哲学之名；今之所谓科学者，悉包于哲学之中焉。
盖人智之萌芽，本为神话，拜物之习，拟人之神，雷公电母，迎虎祭猫，皆自然科学之对象也。世界原始之谈，人类生死之解，中国之盘古及感生帝，印度之梵天及轮回说，《旧约》之《上帝创造世界记》，皆哲学之对象也。然以偏于科学对象者为多。本此等神话而组成不完全之系统，引以切近人事，于是有宗教。中国之丧祭等礼，印度之婆罗门，波斯之火教，犹太人之《旧约》皆是也。其理论亦大抵包有近世科学之对象，而关于哲学者为多。其后人类又迫于科学思想之冲动，不餍于此等独断之宗教，乃各以观察所得者立说，是为哲学之始。如中国之八卦说、五行说，印度之六派哲学（数论胜论等），希腊之宇宙论，皆毗于自然界之独断论也。及其说为时人所厌，而怀疑派之哲学，继之而起，于是有中国之少正卯一流。（《荀子·宥坐》篇：“孔子曰：人有恶者五，而盗窃不与焉：一曰，心达而险；二曰，行辟而坚；三曰，言伪而辩：四曰，记丑而博；五曰，顺非而泽；少正卯兼有之，故居处足以聚徒成众；言谈足以饰邪营众；强足以非是独立。此小人之桀雄也”。正与希腊诡辩派相类），印度之六师外道，希腊之诡辩派；此等怀疑之论，不足以久维人心，于是有道德论之哲学继之。如中国之孔子，印度之佛，希腊之苏格拉底是也。佛氏以宗教之形式，阐揭玄学；其后循此发展，永为宗教性之哲学，遂与科学无何等之关系。孔子之后有庄子，苏格拉底之后有柏拉图，皆偏于玄学者也。孔子同时有墨子，苏格拉底之后有亚里士多德，则皆兼治科学者也。庄子之哲学，为神仙家所依托，而有道教；柏拉图之哲学，为基督教所攀援，而立新柏拉图派，则又由哲学而转为宗教矣。中国墨学中绝，故以后科学永不发展；而宗仰孔子之儒家，自汉以来，不能出烦琐哲学之范围。西洋之宗教，引亚里士多德学派以自振，故中古之烦琐哲学，虽为人智之障碍，而科学之脉未绝。及文艺中兴以后，思想界以渐革新，自然科学，次第成立。于是哲学与科学之关系，缘之而起焉。