以人为本的科学内涵，需要从两个方面来把握。首先是“人”这个概念。“人”在哲学上，常常和两个东西相对，一个是神，一个是物，人是相对于神和物而言的。因此，提出以人为本，要么是相对于以神为本，要么是相对于以物为本。大致说来，西方早期的人本思想，主要是相对于神本思想，主张用人性反对神性，用人权反对神权，强调把人的价值放到首位。中国历史上的人本思想，主要是强调人贵于物，“天地万物，唯人为贵”。《论语》说，马棚失火，孔子问伤人了吗，不问伤马了吗，这说明在孔子看来，人比马重要。在现代社会，无论是西方还是中国，作为一种发展观，人本思想都主要是相对于物本思想而提出来的。
其次是“本”这个概念。“本”在哲学上可以有两种理解，一种是世界的“本原”，一种是事物的“根本”。以人为本的本，不是“本原”的本，是“根本”的本，它与“末”相对。以人为本，是哲学价值论概念，不是哲学本体论概念。提出以人为本，不是要回答什么是世界的本原，人、神、物之间谁产生谁，谁是第一性谁是第二性的问题，而是要回答在我们生活的这个世界上，什么最重要、什么最根本，什么最值得我们关注。以人为本，就是说，与神、与物相比，人更重要、更根本，不能本末倒置，不能舍本求末。我们大家所熟悉的“百年大计，教育为本;教育大计，教师为本”，以及“学校教育，学生为本”等，都是从“根本”这个意义上理解和使用“本”这个概念的。
在新的历史时期，我们党提出以人为本思想，摒弃了旧哲学人本思想中封建地主阶级、资产阶级的阶级局限和历史唯心主义的理论缺陷，主要是借鉴国际经验教训，针对当前我国发展中存在的突出问题和实际工作中存在的一种片面的、不科学的发展观而提出来的。这种发展观认为，发展就是经济的快速运行，就是国内生产总值（GDP）的高速增长，它忽视甚至损害人民群众的需要和利益。这种发展观就是人们所说的“见物不见人”，其实质是一种“以物为本”的思想，它和“以人为本”是两种不同的发展观。