从沈约的上书建言和王僧孺的整理、汇集谱书，足见崇尚谱牒本是门阀制度的反映，但其造成的弊端也是门阀士族所难以预料和难以避免的。诚如唐代史家柳芳所论：
夫文之弊，至于尚官；官之弊，至于尚姓；姓之弊，至于尚诈。隋承其弊，不知其所以弊，乃反古道，罢乡举，离地著，尊执事之吏。于是乎士无乡里，里无衣冠，人无廉耻，氏族乱而庶人僭矣。故善言谱者，系之地望而不惑，质之姓氏而无疑，缀之婚姻而有别。山东之人质，故尚婚娅，其信可舆也；江左之人文，故尚人物，其智可舆也；关中之人雄，故尚冠冕，其达可舆也；代北之人武，故尚贵戚，其泰可舆也。及其弊，则尚婚娅者先外族、后本宗，尚人物者进庶孽、退嫡长，尚冠冕者略伉俪、慕荣华，尚贵戚者徇势利、亡礼教。四者俱弊，则失其所尚矣。[11]
在历史发展中，有些现象常有相似之处。柳芳所论的这些“弊端”，在整个门阀时代都是挥之不去的。这可以从唐代的谱牒之学中得到进一步证明。