马端临在《文献通考》中所反映出来的历史思想，是一种进步的历史观。这主要表现在马端临对历史的认识既包含着朴素的唯物因素和辩证因素，也包含着进化的观点。在这些方面，他继承了前辈史学家、思想家的优秀遗产，同时也在不少地方反映了自己提出来的新的思想表述形式。人们对于《文献通考》这部巨著，犹如对于《通典》这部巨著一样，较多的是把它作为文献资料使用，而很少对它的思想资料进行清理、总结。这种情况是有待改变的。马端临十分重视历史上的社会经济活动，发展了《通典》“食货为之首”的唯物思想。他不仅仍以食货居于《文献通考》之首，而且对于“食货”所包含的一些主要部门之相对独立和相互关系提出了更明确的认识。正如上文表中所示，《通典·食货典》所述内容在《文献通考》里已分为八个相互联系的独立部门，这首先是中国封建社会经过两宋时期，社会经济的发展在国家经济制度上有了更明确、更细致的规定的反映，同时也是在考察前代史家在这个问题上分门立目的得失而提出来的。马端临以田制与赋税合为田赋，以土贡从赋税中析出而自成一考，都有别于《通典》，这说明他对于“食货”这一领域思考之深。他的许多认识，是基于“生民所望，曰衣与食”的唯物观点提出来的。
马端临的唯物观点，反映在他对异常的社会现象和自然现象的解释方面，也是很突出的。他在列举前人关于妖祥的说法后，以事实反驳说：“妖祥之说，固未易言也。”譬如，人们通常认为“治世”则凤凰见，故有虞之时，有来仪之祥；然汉桓帝元嘉之初、汉灵帝光和之际，凤凰亦屡见，而桓、灵并非“治世”之时。人们通常认为“诛杀过当，其应为恒寒”，故秦始皇时有四月雨雪之异；然汉文帝四年也出现六月雨雪，而汉文帝并非“**刑之主”。他如斩蛇、夜哭，在秦则为妖，在汉则为祥；僵树、虫文，在汉昭帝则为妖，在汉宣帝则为祥，等等。于是，马端临认为：“前史于此不得其说，于是穿凿附会，强求证应而罙有所不通。窃尝以为，物之反常者，异也……妖祥不同，然皆反常而罕见者，均谓之异，可也。故今取历代史五行志所书，并旁搜诸史本纪及传记中所载祥瑞，随其朋类，附入各门，不曰妖，不曰祥，而总名之曰‘物异。’”[6]《文献通考·物异考》就是按这个思想编纂的。用“反常”“罕见”谓之“异”来代替唯心主义的妖祥说，继承了古代史学里的唯物思想传统，并提出了具有独到见解的表述形式，从而进一步揭去了笼罩在社会历史上的神秘外衣，这是马端临唯物思想中很可贵的地方。