在所有教育行政部门中，中央和省级是最重要的部门。没有中央统领和省级统筹，就不可能有综合高中课程的顺利实施，甚至连综合高中能否生存都是个问题。例如，办学标准、高中阶段毕业证书名称、课程互通、学分互认、高考对接以及学籍管理等，如果国家规定高中毕业必修课程门类过多，那么学生就没有什么选择空间，综合高中就只能一校两制，失去其本质意义和应有的价值。所以，课程实施的顶层设计非常重要，这个职能主要由教育行政部门承担。
（一）中央和省级教育行政部门
综合高中的课程实施需要各级教育行政部门、教研机构和学校的紧密配合。省级教育行政部门要切实推动高中阶段办学体制和办学模式的改革，促进高中阶段教育的课程结构优化，加快推进普职融通，积极适应经济社会发展的需要。在推进综合高中改革的过程中，省级教育行政部门要出台相应指导意见，对学校试点综合高中的条件进行规定，然后通过学校申报、组织评审等流程确定试办综合高中名单（以及试办专业）并给予相应经费支持，然后通过制定适用于综合高中办学理念和办学目标的评估指标体系对试点学校（专业）进行评估，引导试点综合高中健康发展。
从一定意义上来说，推进综合高中改革，需要在普通高中和职业高中之外建立一套综合高中的设立、指导、课程设置、考试以及评价体系，同时明确省级教育行政部门主管处室，便于开展各项工作。在省级教研系统中设置综合高中教研员队伍，加强综合高中课程建设和教育教学研究，指导各综合高中按照综合高中发展目标，建构并实施课程体系，确保人才培养质量。省级教育行政部门要出台综合高中课程方案，对综合高中培养目标、综合高中课程设置及标准，为综合高中建设和发展设计纲领性文件。