近代医疗空间，指以西方的医疗技术和经营管理模式为基础而设立的医疗卫生空间，包括医院、诊疗所、疗养院、防疫组织、卫生区事务所等。近代北京最早出现且数目最多的医疗空间是医院。1861年英国伦敦会在东单牌楼北创建了施医院，1864年英国医学传教士德贞在其基础上创办了双旗杆医院，这是北京的第一所近代西医院。其后，美国基督教长老会于1885年创办了妇婴医院，又于1901年创办了安定医院；1886年美以美教会创办了同仁医院。在教会医院中最著名者当属1906年伦敦五教会联合创办的协和医院。
随着外国医院的增多，西医技术逐渐为中国人所认识并被一些人的接受，清政府也认识到了设立西式医院的必要性。1906年民政部奏请在东城钱粮胡同设立内城官医院，其后又于1908年在宣武门外梁家园设立外城官医院，也标志着官方接受并仿行西方医院的开始。内、外城官医院初设时，除住院诊治者须纳饭食费外，其余诊治项目“概不收费”[92]。官医院开设后经营良好，1909年全年就诊数达到288467人次。[93]时人有竹枝词称赞：“一从新立官医院，大益人民在卫生。不见荒榛与沟堑，果然沧海有时平。”[94]民国以后各类医院渐多，官医院每月仍有数千甚至上万人就诊。[95]1933年卫生处成立后将内、外城官医院改组为市立医院。
鉴于传染病的流行情况，以及诊治需要的环境，1915年内务部批准设立京师传染病医院，1916年划归市政公所，内置治疗、预防、检察、消毒四科，专司各种传染病治疗、预防之法及医药行政事宜。[96]1918年民间亦有医师组织设立传染病医院。[97]医院的专门性渐趋增强。1916年，市政公所以官立医院仅有内、外城官医院未能满足需要，而在香厂建立了“仁民医院”，医院建筑由英国工程师沈德估工包造。[98]1917年，第一所中国人集资创办的公立医院中央医院成立。至1919年，北京已有46所医院，其中国立医院6所，公立医院4所，民办医院17所，外国医院16所。[99]