铁山寺案发生后，不仅该寺僧众四处奔走呼号，北平市佛教界也强烈不平并代为出面抗争。北平两大佛教团体——北平佛教会与中华佛教平民教育联合会于广化寺议决合组临时联席委员会，为佛教争权。9月30日，两会联合呈文市政府、公安局、社会局，要求勒令白彦章、石又磊等速将铁山寺交还。10月5日，在两会组织下，和尚、道士、喇嘛、尼姑以及佛教平民教育联合会所设学校之学生两千余人冒雨步行前往市党部、市政府请愿。[65]
在子弟学校被勒令迁出后，铁山寺暂由公安局、社会局管理。如何处理该寺，市政府曾令两会筹议方案。不料在1929年12月间，北平佛教会抛开中华佛教平民教育联合会，单独函呈市长张荫梧，提出将铁山寺改作佛教民众小学校，兼收豫陕甘绥灾童，并拟在该寺创设一通俗图书馆，以增进平民知识。[66]12月18日，张荫梧对此表示赞同，分别训令公安局、社会局会同移交。当公安、社会两局准备将铁山寺移交北平佛教会时，佛教会因主席未在北平请求稍缓接收。[67]从事后的发展来看，佛教会不及时接收铁山寺，不仅使得两大佛教团体寺产之争更加激烈，更导致嗣后北平社会局更改前议，并有在铁山寺设立惠工学校之举。
获悉北平佛教会提请接收铁山寺改作佛教民众小学校之举后，1929年12月27日，中华佛教平民教育联合会主席觉先呈文公安局、社会局，要求将铁山寺直接发还证修。觉先认为，北平佛教会拟撤销证修、另换住持并办理其他公益事业，在事实与法律上均不允许。原因有三：其一，法院判决追偿损失，证修未受处分，因此自不能褫夺住持权利；其二，铁山寺一系相承，不能因意外之侵害，而斩绝其法系；其三，即令办理公益，在政府监督之下，铁山寺僧人自能担任，不必节外生枝。[68]随后，觉先再次呈称临时联席委员会为两大团体处理铁山寺案的专门机构，非经联席会议，任何提议不生效力。而北平佛教会独自提出之解决方案实际上是“蔑视全市僧众寄托之合法接管，谬欲代以该会执监会议欺凌专擅”。觉先强调，北平佛教会“与党方隔阂”且“未取得民众团体之资格”。如果由其接收，“恐纠纷为尤盛”。况且铁山寺隶属平民教育会，佛教会不能“越俎代庖”。[69]