以上所述表明，江南拥有其他地区难以比拟的优良的自然条件和社会基础，不过，这些优势在构成江南繁荣富庶的促进因素或具体表征的同时，也为致病微生物的滋生、肆虐提供了便利。显而易见，温暖湿润的自然环境势必会成为各种微生物滋生繁殖的温床，而密集的人口、便利的交通、频繁的人口流动则又为那些致病微生物寻找宿主和扩散流传准备了便利条件，同时，不时出现的天灾人祸则又进一步为其肆虐提供了必要的易感人群。实际上，繁荣富庶的江南同时也是瘟疫的多发地区。
对于历史上瘟疫发生总的确切状况，由于历史记载的缺失恐怕已很难知晓，而且由于目前尚未能对现存的史料进行全面而深入的挖掘，就是比较全面的了解，一时也还难以做到。不过，现有的一些粗略的统计，还是让人可以对各个历史时期瘟疫发生数量和江南在全国的地位产生一个大概的印象。根据张志斌的研究，明清时期是历史上瘟疫较为严重的时期，尽管可能存在各个历史时期有关记载详略程度不尽相同的偏差。就明清两代而言，江浙两省疫情的严重程度要高于其他省份。[1]这一点与张剑光对《清史稿·灾异志》中的疫情的统计是基本一致的。《清史稿·灾异志》记载了清初到同治末年共230年间的疫情，其中有疫年份为101年，各省的情况分别是：浙江23年，直隶、山东各19年，湖北16年，江苏15年，山西8年，广东7年，安徽6年，甘肃5年，陕西4年，云南、广西、江西各2年，河南1年。[2]在江浙两省中，江南地区的有疫年份则为23年。由于《清史稿》的记载极不全面，且有所偏重，所以，这一统计与实际情况肯定颇有些距离，不过还是大致可以看出，江浙至少是全国瘟疫的重灾区之一。而表2-2根据记载相对全面的陈高傭《中国历代天灾人祸表》所做的统计，似乎更能反映出江南多疫的特点。从表2-2中可以看出，与其他地区相比，江南的水灾和疫灾较为严重，尤其是疫灾，占所有灾荒总数的9％，远远超过全国4％的平均水平。而江南的疫灾占全国疫灾总数的25％，是江南灾荒总数在全国所占比率（10％）的2.5倍。江南疫灾的相对较多，由此可见一斑。这些表明，江南乃全国瘟疫最为频发的地区。由于江南的文献资料相对详备，这一点未必一定完全符合历史实情，但至少可以认为江南是一个疫病多发的地区。