能准确地判定历史上发生的疫病为现代医学所称的何种疾病，无疑是件令研究者和读者都感到兴奋的事情，然而由于存在以下几个方面的因素，使得这种判断具有相当大的危险性，有时甚至根本不可能做到。
第一，在历史文献中，对疫病的记载往往过于简洁，正史一般均以“疫”或“大疫”名之，就是地方志，除了对个别特别重要的瘟疫记录其病名或简要的症状，对大多数瘟疫也都以“疫”、“大疫”、“疠疫”、“疫疠”、“瘟疫”、“时疫”、“疫气”等名称一笔带过。对于这样的记载，除非在其他文献中找到具体的描述，肯定已不可能做出更进一步的判断。
第二，祖国医学和现代西方医学是两个全然不同的医疗体系，在疾病命名方面存在着不少原则性的差别，“对于传染病的命名诊断，西医有病原性诊断、病理解剖性诊断、病理生理性诊断等，并且注意几方面结合做出完整诊断，因而其病名冗长、复杂，限定清楚。至于临床表现，西医虽视其为诊断的重要依据，但一般不做诊断用词。中医学与之不同，将临床主症既作为诊断依据，又常直接用以组成病名，至于病因与病性、病灶诊断，并非每一病名所必备，而可通过辨证诊断来补充。总之，西医命名特点是重菌毒、重病灶，中医命名特点则重病状、重性理”[1]。在这种情况下，中西医病名必然难以一一对应，所以，即使已经明确知道某些瘟疫的病名和一些症候，也未必就能准确判断其为现代的何种疾病。事实上，过去的某种疫病，很可能包含现在的多种疾病，相反，现代某一种疾病，也完全可能包括在过去的多种疾病之中。比如，就是古今称呼基本一致的疟疾，其实在很长时期中，不仅包括今天所说的由疟原虫引起的疾病，也用于指称一些寒热交作的外感热病以及痨病，所以，明初浦江的戴思恭要呼吁：“疟症不一，其名亦殊……亦有非痨非疟等疾而成寒热……不可不审。”[2]又如，今天所谓的感冒，在温病学中，既可以归入风温，亦可包括在冬温之中。[3]