霍乱、伤寒和痢疾都是古老的病名，不过这里所说的霍乱和伤寒都是指现代医学中的概念，与传统医学所指不是一回事。关于伤寒这一概念，绪论中已做辨析，于此不赘，仅对霍乱一词略作考辨。
（一）霍乱
在中国的文献中，霍乱是一个古老的名词。早在《黄帝素问》中就有记载：“土郁之发，民病霍乱。”[33]“太阴所至，为中满，霍乱吐下”。对此，明代的张景岳注释说：“挥霍撩乱，上吐下泻。”[34]又有干霍乱之名：“更有吐泻无物，亦有上下关闭，竟不吐泻者，为干霍乱。惟心腹绞痛，令人立毙”[35]，所以又称绞肠痧。[36]虽然，现代一般认为，嘉庆二十五年（1820年）之前，中国所谓的霍乱是指多发于夏秋二季的急性肠胃炎或细菌性食物中毒；现代医学所指的由霍乱弧菌引起的烈性传染病，即Cholera，系嘉庆二十五年时从印度由海路传入。[37]然而，在学术界，这一论断并非定论，争论的焦点主要集中在以下两个方面：一是这场大疫的霍乱究竟是一种新的疾病，还是原本就有的霍乱的一种变型；二是这次是不是真性霍乱的首度传入中国。
关于前者，实际上，从疫病发生后不久就存在争议。比如当时的霍乱名家王士雄，在其所著的《霍乱论》中将嘉庆季年出现的新疾病称为“霍乱转筋”，认为吊脚痧[38]不过是转筋霍乱而已。[39]而稍后的徐子默则明确指出吊脚痧非霍乱。[40]而且，根据程恺礼的研究，认为是传统疾病的，除王士雄等人外，洛克哈特（Lock—hart）、德贞（Dudgeon）和汤姆森（Thomson）等西方的医生也持同样的看法，他们在仔细阅读资料后，认为“霍乱”确实是霍乱，而且它自“古早”即存在于中国。“对他们来说，在医学古籍中关于这个疾病的临床描述是莫大的确证，即使没有提到这种疾病的传染本质。他们坚持说，霍乱真正的性质可以进一步由中医明显的关心得到证明，他们自古代就对这个疾病开出许多处方并治疗的方法。这些治疗法如果不很有用（通常和他们自己的疗法相似），至少值得更深入的考察。”[41]其实，在清代的医生中，认为吊脚痧为霍乱或寒霍乱者，远非王士雄一人，比如光绪年间，钱塘的连文冲将霍乱分为自生霍乱和传染之症，主张治霍乱应先辨阴阳，“庶按症施治，得其指归也，然无非师法古人”[42]。而湖州的莫枚士则公然反对“矜言创新，以新一时之耳目”，认为“今瘪螺痧即暑月之中寒耳，其吐泻者即霍乱耳”[43]。