虽然有关鬼神致疫的观念很早就有，并长期存在，但这种认识显然难以有效地指导临床医疗，古人很早就认识到疾病乃某种病邪所致，据《左传》昭公元年（公元前541年）记载，在周景王四年（公元前541年），秦国名医医和就提出了“六气致病说”，他说：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，**生六疾。六气曰：阴、阳、风、雨、晦、明也。”[23]此后，这种由气致疾的认识不断发展，逐渐总结出了六**病因学说，即将六**：风、寒、暑、湿、燥、火视为外感病的主因。[24]具体到瘟疫，在吴有性发明“戾气说”以前，古人对传染病病原的学说主要有时气说和瘴气说两种。所谓时气，即非其时而有其气，古人谓之四时不正之气，也就是王叔和所说的“春时应暖反大寒，夏时应大暖反大凉，秋时应凉反大热，冬时应寒反大温”（《注解伤寒论》卷2）。瘴气说，即认为尸体腐烂或其他一些山岚瘴气等，弥漫在空气中，人在吸入这些恶毒之气后，便会导致疫病发生。[25]
在这些认识的基础上，明末清初的吴有性结合自己的临床观察，提出了著名的“戾气学说”。对吴的这一学说，现有的医史著作均给予了高度的评价。
根据已有的研究和笔者的理解，吴有性的“戾气学说”在病原上的创造性贡献主要在以下三个方面：
第一，瘟疫的病原并非传统认为的四时不正之气，他认为，“夫寒热温凉，乃四时之常，因风雨阴晴，稍为损益”，亦为天地之常事，仍不过是“常气”[26]，“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”[27]。这种异气，吴在《温疫论》中有时又称之为杂气、戾气、疠气、疫气等。同时，这种杂气或戾气等，亦非“山岚瘴气，岭南毒物”，它们“咸得天地之浊气，犹或可察”，“而唯天地之杂气，种种不一……是知杂气之毒亦然，然气无形可求，无象可见，况无声复无臭”[28]。