由于作为病原的鬼神相当神秘而模糊，在这一观念指引下产生的病因认识也相对较为简单，不外是个人或集体的道德不修或有违天和而受到上天的惩罚。清初山阴的陈士铎曾指出：“瘟疫之证，其来无方，然而召之，亦有其故。或人事之错乱，或天时之乖违，或尸气之缠染，或毒气之变蒸，皆能成瘟疫之病也。”[1]将“人事错乱”视为产生瘟疫的原因之一。至于个人，患染瘟疫在不少论述中，也与道德因素密切相关。道德败坏者常常会遭到瘟疫的报应，而品德高尚者则往往能够在大疫之年幸免于难。比如，有一则故事指出有人因贪污公款而染瘟疫：
道光十四年春，挑白茆河，起大工，动大众，至四月十五日工竣后，疾疫忽兴，在工一切人等，苟经手余钱者，无不致病，死者不少，即或当时不病，灾祸亦必随至。可知此工所集钱文，皆众户努力捐输，以救哀黎，从中染指，必致天罚也。[2]
而一些相反的例子则告知有人因多行善事而免于罹难：
昔，城中大疫，有白发老人，教一富室合药施城中，病者皆愈，而富室举家卒免于疫。后有人见二疫鬼过富室之门而相谓曰：此人阴德无量，吉神拥护，我辈何敢入哉。[3]
这些因果认识的出现，显然是以鬼神司疫这一观念为基础的。