相对而言，当时建立在疫气致疫这一观念基础上的病因认识要丰富、具体和复杂得多。传统医学对病因有着较为系统的论述，比如，张仲景《金匮要略》总结出了内、中、外三因，宋代的陈言在其所著的《三因极一病证方论》中，又提出了新的“三因说”，即认为七情致病为内因，六**感人为外因，饮食饥饱、叫呼伤气、虫兽所伤、中毒金疮、跌损压溺等为不内不外因。[4]就瘟疫而言，主要由外因所致，同时也与内因和不内不外因中的饮食饥饱等因素不无关系。其实从瘟疫的病因来说，无论是由七情导致的内虚还是饮食饥饱等因素都可看做是相对于疫气这一外因的内因。尽管清人对瘟疫病因的认识非常丰富，但却缺乏专门系统的论述，故此就内外两个方面对此作一总结。
（一） 内因
瘟疫由生物性病原引起，属于外感疾病，因此根源在于外因，不过，在疫气流行之时，个人的感染患病程度则明显存在较大的差异，故内因也不可忽略。古人很早就认识到正气不足会导致外邪内侵。这一思想在清代已成为无论是医家还是一般文人均能明白的道理，诸如此类的言论可谓是俯拾皆是，比如，“然人气禀厚，正气旺，精神强固，气血充和，呼吸之间，疫毒无自而干”[5]；“盖人平日摄养，使中气能作得主，即遇毒染邪，皆旁行而不伤”[6]；“夏令暑热炎蒸，湿浊上腾，人在蒸**热迫中，设或正气不足，最易感病”[7]。因此，时人在论及瘟疫时，往往会注意到这方面的原因。
当时对人体内正气不足而导致疫气侵入这一原因的认识，基本可分成两个方面：
一是因为饥寒冻馁。大荒之年必有大疫，是古人一种普遍的看法，灾荒战乱对瘟疫的影响除后面将谈到的环境污染因素外，时人还认识到，灾荒战乱所导致的饥寒也是瘟疫发生的原因，比如乾隆二十年（1775年），江南大旱，在各地出现“阴兵”“神灯”现象，次年，“春夏之交，疫疠遍乡，邑民死者枕藉于路”。世人“或以为灯火之故”，而道光《分湖小识》的编纂者则指出：“然亦饥寒之所致也。”[8]道光三年（1823年），江南大水，次年六月，苏州时疫盛行，有人认为，“盖因饥寒之困酿而为疠疾之忧”[9]。冯桂芬在论及太平天国战争期间难民流寓之苦时也说：“衣食路绝，树荫以供寝卧，草根以充饼饵，寒暑莫御，疫疠时作，死亡疾病，十家而九。”[10]