19世纪末细菌的发现和细菌理论的形成是20世纪现代医学科学取得突破性发展的最关键因素之一，改变了西方生物医学的研究方向。[1]值得指出的是，这虽非中国医学的成就，但并没有隔绝于中国社会和医学之外。就在该学说出现不久的1900年前后，西方关于病菌致病的学说开始传入中国，并得到一些人的认可。比如，著名医生陈虬在弟子问他“近日西医流行，其论此病，系毒虫为患……然否”时，亦回答说“理亦不谬”[2]。一本完成于清代末年的防疫著作这样介绍了细菌学说：
传染之原因，皆由细菌，细菌亦生物也，以显微镜测之，有球状者，有棍状者，有螺旋状者，有苦迈状（英文字形）……[3]
非医生的孙宝瑄也在日记中写道：
我国人谓疫有神，故设法以驱之。西人谓疫有虫，故设法以防之。神不可见，而虫可见。微生物乃天地间一大种类，终日与人争战，虫败则人生，虫胜则人死。[4]
同时，西方有关传染病传播途径的学说也同时传入，光绪年间，在真霍乱流行之时，日本的中野太郎用中文写成了《避疫法大意稿》的小册子，其中说道：“痧疫病源为一种幻微生体”，因“个人饮食不良而发生”[5]。已较为理论化地指出了瘟疫的食物传播途径。到宣统时，曹廷杰则进一步介绍道：
（细菌）大抵皆发生于有机物质腐败处，遇适当之温度及卑湿之地，既生以后，则浮游于空气及水、尘埃中，或土及不洁物中，因人之口、鼻、**而入，即致各种之病。[6]
除曹所言，虫媒传播的认识当时也已十分明确，绍兴医学会节录的《上海医学研究所通告》指出：
蚊蝇最能传病，故食物必须遮盖，以免蚊蝇散毒。碗盏用时，须先洗净。卧宿须垂帐子，勿使蚊虫吮血，致生传染之病。[7]