通过以上几节的分析，我们可以得出如下认识：
第一，清人对瘟疫病原的认识基本是鬼神司疫和疫气致疫两者长期并存。这两种观念都不是清代才出现的，不过清人在认识上均有不同程度的进步，特别是对疫气致疫的认识。吴有性的“戾气说”不仅从病原上对传染病的揭示更加符合实际，而且对病因的认识相对接近今天的认识。虽然吴有性的《温疫论》成书于1642年前后，不过其影响所及，几乎完全是在清代。而且清人还对他的这一理论做了发挥和完善，弥合了吴对时气和戾气间过度的割裂，表明了疫气形成的途径，认为戾气即疫气是由暑、湿、燥、火四时不正之气混入病气、尸气以及其他秽浊之气而形成的。这些对“戾气说”的补充和完善无疑促进了传统医学的发展，同时也使对瘟疫病原的认识更加接近现代认识。鬼神致疫的观念，在清代的民众乃至医家中仍有广泛的影响，不过批判和怀疑的论断在数量上可能较过去有所增加。而且，随着人们对疾病认识的提高，当时流传的一些有关瘟疫的鬼神故事所反映出来的观念也不断接近实际，从而在客观上形成了对时人预防瘟疫的有效指导。
第二，清人在疫气致疫基础上形成的对瘟疫流行因素、传染方式等方面的认识已比较系统全面，尽管还存在局限。比如，在流行因素方面，对今天认识到的灾荒、人口、环境、习俗等相关因素均有不同程度的感知，有些还相当完备。比如，关于灾荒，认为它在以下三个方面与瘟疫直接相关：（1）灾荒造成的饥荒会致使民众的体质下降；（2）灾荒导致的环境污染有利于滋长疫气或使疫气变毒；（3）兵荒之年，人们居住条件的恶化也会导致易染疫气。这些都能为人们有效地避疫和治疫提供依据。而对疫病传染方式的认识则以空气传播为主导。虽然清人对传染方式的认识并非没有发展，比如，提出了瘟疫的“天受”、“感发”和“天行”等概念，从而为人与人之间传染做出了理论上的说明；另外对接触传播、食物传播、水传播、虫媒传播等传播方式也都形成了一些直观或隐约的认知。但总体上，在理论上基本没有突破疫气传染的认识框架。疫气传染这一认识不仅妨碍了时人对其他传播方式的观察和感知，同时还限制了对某些已经取得的现实观察结果的阐述及其所产生的影响。这比较突出地反映在对苍蝇传播疾病的认识上，虽然汪期莲在刘奎将苍蝇和秽气相联系的基础上，观察到了苍蝇能够传播瘟疫，但却没能做进一步的阐发，同时也没能产生较大的影响，以致直到清末西方细菌学说传入后，蚊蝇的传播作用才引起普遍的注意。这一认识缺陷所造成的危害对温暖湿润、以肠道传染病为主的江南来说，可能尤为严重。