保皇会的勤王运动，历时两年，波及多省，动员大量人财物力，又趁清廷自顾不暇之机，结果却不战自溃，草草收兵。事后人们纷纷追查败因咎责，保皇会内部也互相猜疑推诿，或称告密牵累，或谓饷械失济，或指中饱私囊。然而，检验保皇会的组织指挥系统及其实际运作，可见其中存在严重痼疾，使整个战略准备停留于计划的一纸空文，没有落到实处，因而注定了失败的命运。
大规模的武装起义，贵在组织严密，指挥果断，办事有效，令行禁止。否则，计划再周详，也是纸上谈兵。但保皇会骨干多为士子书生，情急而言兵，从个人素养到组织功能，都与军事行动的要求严重不符。正所谓秀才造反，夸夸其谈，成事不足。康有为身为统帅，长时间对主攻方向举棋不定。虽然他后来声称“前后俱注意于西”，但未能坚决贯彻实施。在华侨督催，属下意见分歧，以及客观形势千变万化等因素的干扰下，一年之内，几易方略，最终也没有注全力于西，主攻侧应流于相机速发。帅无定见，乃兵家大忌。
此外，由于澳门总局办事不利，康有为无法切实掌握各路勤王军情，却坚持“大事仍由南佛主断”[1]，所定用兵方略背离实际。如黄忠浩5月前已移防湖北，而6月他还郑重其事地将其巡防营作为长沙内应的主力。而且康缺乏军事常识，其决策有时令人啼笑皆非。保皇会在日本订购旧枪，他只图引诱群豪，指示多购价廉质次者。甚至听信陈翼亭别有用心的胡说，认为“不如土货之善矣”[2]，要少购洋枪，多购土制抬枪线枪“以省费”[3]。他自诩知人善任，却往往用人不当，信任夸夸其谈的富商子弟和心怀叵测的游勇头目，埋下致败祸根。更有甚者，他极力举荐侄子康同富办理广东军务，理由之一竟是后者“且能熟《三国演义》”[4]。加上康有为缺乏勇气胆识，远居南洋养尊处优，不敢亲入内地统军，平时还要众多卫士洋兵保驾，很难应付瞬息万变的局面。难怪一位久慕其名的加拿大华侨指责其“有救世之力，而无救世之勇”，只知“舞文弄墨，视中国濒危于不顾”[5]。