研究清末政治小团体的学者往往注意到这些组织的地域色彩，并归咎于其成员的主观意识。然而，中国教育会从一开始就没有用狭隘的地域观念把自己局限起来，而是力争建设成为全国性组织，这从它标明为“中国教育会”即已昭然。该会章程规定：“本会置本部于上海，设支部于各区要之地。”[1]后来又进一步明确为：“本会设中央事务所于上海，其会员在各地至十人以上则设一地方事务所。”[2]蔡元培对于教育会沟通内外的功能作用有很好的说明：“上海全国交通之毂辐也，内之可以输进文化，外之可以联络声气，非于此设一教育会以媒介之，尤不可。”[3]从整个活动看，该会积极贯彻了这一原则，并在一定程度上付诸实现。
中国教育会几经起伏，人员流动很大，多则百余，少则十数，[4]会员籍贯分布于苏、浙、闽、皖、直、鄂、湘、粤、桂、甘等省，其中以江浙人士居多，但其他省籍会员如湖北的王慕陶、戢元丞，广西的马君武，安徽的汪德渊、蒯寿枢，湖南的章士钊、陈范，福建的林森、林獬，直隶的张继，广东的徐敬吾，甘肃的陈竞全等亦起重要作用，其中不少人还担任过职员。这种情况反映出上海移民社会的背景。清末这里成为各地新知识群中精英分子的荟萃之所，他们时而聚会上海，时而分散各地，使得上海与各地知识界保持着密切联系。
中国教育会的直辖分支主要分布于江浙一带，同时通过各种渠道，与许多重要省份新知识界中的革命分子建立了密切联系。1903年春成立于上海的福建学生会，会长林森及骨干林獬都是中国教育会会员，其活动往往借用中国教育会所或爱国学社校舍。王慕陶、戢元丞等与湖北进步知识界联为一体，他们创立的国民丛书社，“同乡公举以为上海机关，于吾湖北关系甚大”[5]。由湖北革命小团体花园山机关派赴上海设立联络处昌明公司的万声扬，就与国民丛书社保持直接联系。继起的科学补习所也与中国教育会互通声气，其章程即刊登于中国教育会的机关刊物《警钟日报》上。